De regreso al dominio gratuito…

Escribo este post como aviso para la gente que tenga guardado mi blog desde el dominio principal:

http://opensourceopenmind.com

El sábado 05/04/2014 expira el contrato que mantengo con WordPress para el alquiler de este dominio, y sinceramente no pienso renovarlo, principalmente por dos razones:

  1. La razón principal es que mi economía está muy limitada y tengo que racionalizar gastos en todo lo que pueda.
  2. La segunda razón es eminentemente práctica y es que además de disponer de un dominio propio, WordPress me permite muchas funcionalidades extras que por desconocimiento e ignorancia no se aprovechar…

Así que, en resumen, desde este sábado, este blog cambiará principalmente en dos cuestiones:

  • La tipografía Ubuntu es una funcionalidad añadida que cambiará al expirar la vigencia del contrato
  • Para acceder a este blog, se recupera su URL original:

http://opensourceopenmind.wordpress.com

Lo único que siento es que muchas visitas me llegaban desde enlaces que ahora se volverán inválidos.

Pero, y aunque ultimamente estoy en pausa, por motivos académicos, no pienso dejar de poner contenidos que creo os resultarán interesantes…

Un saludo a todo el mundo.

Vida en nuestro kernel…

Dedico este artículo a mi hermana Ana, a quien siempre he admirado, entre otras muchas cosas, por su innata habilidad académica.

Para la realización de este post he utilizado un sistema Ubuntu 10.04 LTS Lucid Lynx con entorno GNOME2.

Después de realizar un análisis de software químico, donde expuse una cantidad limitada de repositorios moleculares y cristalográficos, he de confesar que la afirmación, realizada en aquel post, de una gran base de datos científicos y técnicos de dominio público, no se refería a esos escasos enlaces.

La razón de no exponer, en ese momento, estos conceptos que me han llevado a realizar este segundo post sobre software y ciencia pública, es que la longitud hubiera resultado exagerada.
De hecho, tengo pendiente un artículo que complementa las utilidades químicas en el software libre, pero con sabor KDE, dado que Kalzium, reúne en un solo paquete, la mayor parte de las utilidades vistas en el entorno GNOME.

Quiero volver a disculparme con vosotros por cualquier absurdo o error técnico realizado durante el artículo. No existe intención alguna y se debe a mis limitaciones académicas.
Mi propósito es mostraros el potencial de estos conceptos y si así resultara, mi satisfacción sería plena.

Vayamos a la idea inicial que me llevo a realizar estos artículos sobre software científico.
Tal y como reseñe en el anterior post, el Premio Nobel de Química 2013, se fundamenta en el desarrollo de modelos tridimensionales, que facilitan el estudio de procesos químicos imposibles de visualizar con métodos más convencionales.
Quise empezar por el principio, y por la esencia de lo que somos, elementos químicos.
Más concretamente, elementos orgánicos (basados en carbono), pero la vida no es tan simple, ni mucho menos…
Como muñecas matroska, la vida se complica cuando subimos a capas superiores. Y estos elementos orgánicos, se reúnen a su vez, en macromoléculas biológicas que conforman nuestra estructura.
Este vídeo detalla esa complejidad de enlaces cuando hablamos de dichas macromoléculas:

EPIDEMIA DE PINGÜINOS. PANDEMIA DE ÑUS…

En la década de los 70, casualmente cuando este Premio Nobel empezó a gestarse, otros científicos vieron posibilidades en la globalización ofrecida por Internet, y promovieron la creación de una gran base de datos que reuniera los conocimientos adquiridos de las proteínas y ácidos nucleicos, ladrillos de un edificio llamado vida.
De la misma manera que en una colonia de termitas o una colmena de abejas, el esfuerzo conjunto del grupo puede llegar a ser superior a la suma de sus individuos.

Tres son los continentes que aportan su ciencia a esta base, que empezó con 7 estructuras y, 40 años después, cuenta con un número superior a 96000 aportaciones.
Asia, Europa y América; eligiendo como portavoces a Japón, Gran Bretaña y Estados Unidos, trazan un triángulo que contiene un gran volumen de biólogos y bioquímicos, con sus laboratorios y aparatología, y lo más importante, su inteligencia y esfuerzo sincronizados.
Juntos conforman Worldwide Protein Data Bank, un banco que nada tiene que ver con las finanzas, y sin embargo, alberga una maravillosa riqueza.
Si esto resulta interesante, termina fascinando la decisión de ampliar esta telaraña al mundo entero. Esta biblioteca es de dominio público, y cualquiera con acceso a internet y las herramientas adecuadas puede disfrutar de su contenido.

Como curiosidad, expongo este gráfico donde muestra la tendencia de crecimiento de esta base:

CrecimientoPDB

Tendencia en el crecimiento de Protein Data Bank

Será casualidad, pero el crecimiento de aportaciones sube de manera exponencial, en unos años donde se estaba afianzando el mayor proyecto colaborativo de software con un pingüino por mascota.
Quizás no tenga nada que ver, o quizás si, quien sabe…

Diversas instituciones con sus respectivas webs, forman parte de este conglomerado biológico digital, pero vamos a centrar nuestra atención solamente en una página, puesto que en realidad, los datos a los que accedemos son similares y se encuentran sincronizados.
Si definimos nuestra búsqueda en Google con el termino Protein Data Bank, el motor nos muestra los siguientes resultados:

protein data bank - Buscar con Google - Mozilla Firefox_001

Búsqueda del termino Protein Data Bank en Google

No tenemos la necesidad de desplazarnos más lejos en nuestros resultados, veamos que nos ofrece esta página: RCSB Protein Data Bank.

RCSB Protein Data Bank - RCSB PDB - Mozilla Firefox_002

Home RCSB Protein Data Bank

En la parte inferior izquierda de la página, encontramos un apartado de ayuda que nos facilitará la navegación y nos explicará las posibilidades de la web.

RCSB Protein Data Bank - RCSB PDB - Mozilla Firefox_003

Sección Help en RCSB Protein Data Bank

A modo de resumen, veamos una manera de navegar entre esta extensa base. En la parte superior de la web, observamos la siguiente imagen que podemos pulsar:

RCSB Protein Data Bank - RCSB PDB - Mozilla Firefox_004

Detalle PDB-101 en Home RCSB Protein Data Bank

Esta acción nos desplazará a la siguiente pantalla, donde encontramos categorizadas de la siguiente manera las distintas macromoléculas biológicas:

Categorías de RCSB PDB-101

  • Síntesis de proteínas (Protein Synthesis)
  • Enzimas (Enzymes)
  • Salud y enfermedad (Health & Disease)
  • Energía biológica (Biological Energy)
  • Infraestructura y comunicación (Infraestructure & Communication)
  • Biotecnología y Nanotecnología (Biotechnology & Nanotechnology)
RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_005

RCSB Protein Data Bank PDB-101

Pulsando sobre ellas, nos mostrará las macromoléculas biológicas que engloban la categoría elegida, realicemos el ejemplo con la subcategoría Salud y Enfermedad (Health & Disease):

RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_006

Sección Salud y Enfermedad RCSB Protein Data Bank PDB-101

Como podemos observar, esta subpágina está dividida a su vez, en otras subcategorías, para facilitarnos aún más la labor de búsqueda. Veamos que nos ofrece la sección de Virus (Viruses):

RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_007

Sección Virus en RCSB Protein Data Bank PDB-101

En el cuerpo de esta web, podemos desplazarnos por los distintos modelos de virus desde dos vías diferentes:

RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_008

Modos de selección en RCSB Protein Data Bank PDB-101

Indistintamente de la vía que usemos, nos aparecerán los enlaces para ese grupo biológico macromolecular:

Lista desplegable virus

Detalle lista desplegable de virus

Ventana movil virus

Detalle selección de virus en RCSB Protein Data Bank PDB-101

Escojamos la primera opción, Adenovirus, y realicemos un breve vistazo a la información proporcionada:

Informacion adenovirus

Artículo Molécula del Mes en Adenovirus

El artículo es una reseña descriptiva e informativa de este grupo de virus. Mensualmente, las instituciones que gestionan Protein Data Bank, dedican un artículo o extienden la información disponible de un grupo macromolecular en lo que ellos denominan Molécula del mes (Molecule of the Month). Al escoger un grupo en particular, nos aparece el artículo Molécula del mes dedicado al grupo seleccionado, en el caso de los Adenovirus tuvieron su dedicatoria en diciembre de 2010.
Dicho tipo de virus, que atacan a aves y mamíferos, son muy interesantes y paralelamente peligrosos. Suelen atacar las vías respiratorias, pero son una herramienta poderosa en la terapia genética al ser usados como vectores de transporte genéticos.
Desglosemos esta información en partes más asequibles. En la parte superior nos ofrece la posibilidad de descargarnos el artículo en formato de libro electrónico (*.epub):

RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_009

Descarga del artículo en formato .epub

Bajando a través de la descripción e información variada sobre este tipo de macromolécula, encontramos dos imágenes representativas de dicha estructura, junto con la posibilidad de descarga en alta calidad (*.tiff):

RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_010

Detalle imagen en artículo Adenovirus

RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_011

Detalle imagen en artículo Adenovirus

Si continuamos desplazándonos por la página, llegamos a la zona de visualización tridimensional en la propia web, necesitaremos el complemento JAVA oficial para poder disfrutar de esta característica en nuestro navegador.

RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_012

Detalle visualizador tridimensional en Adenovirus

RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_013

Error plugin de Java en Mozilla Firefox

Desconozco si en versiones más recientes de IcedTea y OpenJDK es preciso realizar esta operación, en Ubuntu 10.04 LTS Lucid Lynx no son capaces de gestionar este visualizador JAVA on-line: Jmol, que por supuesto, es de código abierto.
En el caso de que OpenJDK y IcedTea no fueran capaces de gestionaros Jmol, el problema se soluciona de la siguiente manera.
Aunque Firefox nos ofrece la instalación del plugin, en realidad, nunca sucederá. Hace tiempo que Canonical decidió retirar de sus repositorios el paquete JAVA oficial de Oracle.
Añadimos un repositorio que si contiene estos paquetes:

sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java

seguidodoblado@netbook: ~_014

Añadir repositorio en Gnome Terminal

Una vez añadimos el repositorio, actualizamos el equipo, para recargar nuestras fuentes de software:

sudo apt-get update

seguidodoblado@netbook: ~_015

Actualización de software en Gnome Terminal

Cuando se haya finalizado la instalación del repositorio, podremos disponer del paquete necesario para solucionar nuestro problema, con nuestro gestor de software preferido:

Gestor de paquetes Synaptic _016

Instalación de paquete Oracle JAVA

Como podéis observar, el repositorio está muy actualizado, tiene disponible la última versión de JAVA. Pero he preferido instalar la anterior para asegurarme estabilidad.
Una vez hayamos instalado el paquete oficial, lo podemos comprobar (en Ubuntu Lucid), desde la ruta Sistema -> Preferencias:

Menú_017

Sistema -> Preferencias

Seguros entonces, de su correcta instalación, volvemos a dirigirnos a nuestro navegador web, que deberemos reiniciar, para observar si nuestra operación ha resultado efectiva:

RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_018

Inicio del plugin JAVA en Mozilla Firefox

Advertencia de Seguridad_019

Advertencia de seguridad JAVA

RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_020

Visualizador Jmol en nuestro navegador web

A partir de este punto, podemos visualizar la estructura de cuatro cadenas proteínicas en un Adenovirus desde nuestro propio navegador:

Jmol en Firefox

Visualización tridimensional en Jmol

Como último comentario sobre Jmol, añadiré que, además de servir como applet en un navegador, puede funcionar como paquete de escritorio independiente.
Veamos como hacerlo:
Descargamos desde este enlace, el paquete comprimido *.zip.
Descomprimimos el paquete y movemos la carpeta resultante a nuestra ruta /opt, sitio especialmente diseñado en las distribuciones GNU/Linux para poder alojar software adicional. Esta ruta debe poseer permisos de ejecución con nuestro usuario para su correcto funcionamiento.

- - Navegador de archivos_021

Carpeta /opt en directorio raíz

opt - Navegador de archivos_022

Carpeta jmol dentro de la ruta /opt

Dentro de la propia carpeta, el archivo jmol.sh, al que concederemos permisos de ejecución como programa, es nuestro acceso directo para iniciar este paquete.

jmol-14.0.1_2013.12.04 - Navegador de archivos_031

Archivo .sh ejecutable dentro de la carpeta jmol

Menú_024

Menú contextual del archivo jmol.sh

Propiedades de jmol.sh_032

Propiedades -> Permisos de jmol.sh

Como último paso, y haciendo uso de Alacarte, junto con una imagen descargada (para su utilización como icono), realizamos nuestro acceso en la ruta Ciencia -> Jmol:

Menú_026

Preferencias -> Alacarte

Menú principal_027

En Alacarte nos dirigimos a la sección Ciencia y añadimos un elemento nuevo

Crear lanzador_028

Ventana Crear Lanzador en Alacarte

Crear lanzador_029

Rellenamos los datos pertinentes, añadimos el icono y la ruta hacía jmol.sh

El aspecto final en nuestro menú será algo similar a esto:

Menú_030

Ciencia -> Jmol

Y esta es la manera en que se nos presentará Jmol como programa de escritorio:

win0_033

Inicio de Jmol

0.0: _034

Jmol

No me voy a extender mucho más con este paquete, puesto que quiero enseñaros un visualizador nativo para nuestras distribuciones, con el que podremos disfrutar de un estudio y una perspectiva en macromoléculas biológicas, que nada tiene que envidiar a Jmol.

En nuestra página web, usada como ejemplo, finalizan la información del artículo con una bibliografia y lo más importante las estructuras definidas por los científicos dentro de esa subcategoría macromolecular:

RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_035

Detalle bibliografía en artículo de Adenovirus

RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_036

Detalle estructuras en artículo Adenovirus

Hasta el momento, hemos podido visualizar un modelo tridimensional molecular, pero no representaba ninguna molécula en particular, sencillamente era la estructura común de todos los Adenovirus con cuatro cadenas proteínicas.

BUSCAR UNA AGUJA EN UN PAJAR…

Si queremos buscar una macromolécula en particular, debemos definir la búsqueda en la base de datos de Protein Data Bank, con su número ID.
El concepto de ID es básico en cualquier base de datos, es el número identificativo e inequívoco de cualquier objeto que forme parte de esa base. Con su uso se evita confusiones, duplicaciones o errores.
En realidad, dentro del artículo hacen referencia a estos códigos en varias ocasiones:

RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_037

Detalle códigos PDB ID en artículo Adenovirus

RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_038

Detalle códigos PDB ID en artículo Adenovirus

Esos códigos alfanuméricos sirven como nombre para la macromolécula biológica dentro de Protein Data Bank, pero no tienen significado alguno, están asignados arbitrariamente por orden cronológico de entrada en esta gran base de datos, y no mantienen ninguna lógica con el nombre real o el tipo de macromolécula.

Entonces, si no tiene significado alguno… ¿cómo podemos buscar macromoléculas biológicas individuales y particulares?
De varias maneras, en primer lugar y como ya hemos podido observar, en los propios grupos estructurales categorizados ya hacen referencia, a dicho códigos ID, en varias ocasiones, dentro de su contexto informativo.
Pero si no queremos profundizar tanto, la propia Home de la página web, nos aporta una efectiva herramienta de búsqueda en su parte superior:

RCSB Protein Data Bank - RCSB PDB - Mozilla Firefox_039

Detalle barra búsqueda en RCSB Protein Data Bank Home

Busqueda macromolecular definida

Ejemplo de búsqueda de macromoléculas

O podemos utilizar otros criterios, detallados en la parte media de la web, para ir afinando nuestra búsqueda en particular:

RCSB Protein Data Bank - RCSB PDB - Mozilla Firefox_040

Detalle criterio filtros en RCSB Protein Data Bank Home

Estos criterios irán acotando las macromoléculas según vayamos seleccionándolos.
Definiendo un organismo, tipo de exploración de la macromolécula, tipo de polímero y clasificación enzimática, el número de estructuras biológicas se irá reduciendo en gran volumen y la búsqueda se tornará más fácil.

Un ejemplo como muestra…
Quiero encontrar una macromolécula exclusivamente presente en el ser humano, analizada bajo microscopio electrónico, además de ser una proteína y NO un ácido nucleico, finalizando con una simetría helicoidal:

RCSB PDB - Query Results - Mozilla Firefox_041

Ejemplo de filtros en búsqueda de macromolécula

¿Cuantas macromoléculas biológicas cumplen todas estas condiciones dentro de nuestra base superior a 96000 registros?
Pues concretamente 3

Selección_042

Ejemplo de búsqueda por filtros

Selección_043

Ejemplo de búsqueda por filtros

Selección_044

Ejemplo de búsqueda por filtros

Con esto quiero demostrar que la búsqueda de una macromolécula biológica presente en Protein Data Bank, no resulta tan complicada, una vez se adquiere algo de practica.
Además tenemos que tener en cuenta, que el número total de estructuras tridimensionales representadas no hacen referencia a macromoléculas distintas, muchas de ellas son versiones mejoradas (por cambio de tecnología en el análisis o mejoras en el anteriormente utilizado) de la misma macromolécula.
Mayoritariamente, las tecnologías de análisis para el desarrollo de estos modelos son cuatro:

Tipos de análisis utilizados

Cada una de estas técnicas aporta nuevos datos estructurales de la macromolécula estudiada, y esto debe reflejarse en la base de datos.
Dada la gran dificultad que requiere esta operación, es decir, modelar unas estructuras a escalas tan ínfimas, cada avance realizado en una macromolécula particular resulta en una nueva entrada de la estructura mejorada.
Una muestra de este suceso:

Selección_045

Detalle de modelo macromolecular

Selección_046

Detalle de modelo macromolecular

Si nos fijamos en los códigos PDB ID de estas dos estructuras, observamos que son la misma macromolécula con un cambio en la técnica analítica utilizada. Por ello, sus códigos ID, son correlativos.
Continuemos con nuestro ejemplo anterior, después de este paréntesis en los distintos métodos de búsqueda definida, desde la parte final en nuestro artículo Molécula del mes en los Adenovirus.
Esta parte nos enlaza directamente con cualquier estructura relacionada dentro la categoría que hemos seleccionado como muestra:

RCSB PDB-101 - Mozilla Firefox_047

Detalle de estructuras relacionadas con artículo Adenovirus

Estructuras adenovirus

Lista de estructuras modeladas en la categoría Adenovirus

Echemos un vistazo a la primera de ellas:

Selección_048

Detalle de modelo macromolecular

Y detallemos estos iconos que aparecen bajo su código PDB ID:

Selección_049

Detalle iconos de acción en modelo macromolecular

De izquierda a derecha tienen las siguientes funcionalidades.

  • Descargar el archivo *.pdb
  • Visualizar el archivo *.pdb
  • Visualizar el archivo tridimensional en Jmol

Era de suponer que un proyecto de tales dimensiones e importancia, tuviera su propio formato de archivos. Analicemos estas posibilidades en sentido inverso.
Si pulsamos sobre el icono de visualización en Jmol, y como hemos visto anteriormente, nuestro navegador será la herramienta para estudiar esta macromolécula biológica:

RCSB PDB - Jmol Viewer - 4ATZ 3D View Report - Mozilla Firefox_050

Inicio de plugin JAVA en Mozilla Firefox

Información de Seguridad_051

Información de seguridad JAVA

Advertencia de Seguridad_052

Advertencia de seguridad en Mozilla Firefox

RCSB PDB - Jmol Viewer - 4ATZ 3D View Report - Mozilla Firefox_053

Visualizador Jmol en Mozilla Firefox

Si pulsamos sobre la visualización de este archivo *.pdb, nos mostrará el código fuente que interpreta Jmol:

Código fuente PDB

Código fuente del archivo *.pdb

Dicho código, además de una cabecera informativa, define cada átomo y su respectiva coordenada dentro de la estructura macromolecular. Labor complicada…
Y por supuesto, podemos descargar el fichero *.pdb de manera local y disponer cuando deseemos de él, gracias al icono de descarga.

Abriendo 4ATZ.pdb_054

Ventana Descarga en Mozilla Firefox

A partir de esta descarga, finalizamos en este artículo con el navegador web, y procedemos a observar que nos ofrecen los repositorios en las distribuciones GNU/Linux respecto a esta temática.

CONTEMPLANDO VIDA…

Desde luego,como renderizador oficial, si habéis instalado Jmol como paquete de escritorio, nos ofrecerá una visualización perfecta de la macromolécula descargada:

Open_055

Ventana Abrir en Jmol

4ATZ.pdb - 4ATZ_056

Macromolécula en Jmol

Jmol en escritorio

Movimiento macromolecular en Jmol

Pero… ¿existen otras posibilidades nativas en nuestras distribuciones GNU/Linux?
Algunos recordaréis, si habéis leído mi anterior artículo, el paquete Gchem3D, un visualizador tridimensional molecular del conjunto de utilidades químicas GCU (Gnome Chemistry Utils).
De hecho, el formato *.pdb (Brookhaven Protein Database File Format), es uno de los admitidos en este programa.
Sin embargo, como os he comentado en anteriores ocasiones, mi equipo es un pequeño netbook Acer Aspire One, con una potencia muy limitada y la gestión de modelos renderizados tan complejos convierte en una tarea imposible su visualización óptima en este pequeño visor.

RasMol solucionó mi problema. Este visor tridimensional gestiona la renderización de macromoléculas biológicas, con tal eficiencia, que mis escasos recursos no son impedimento para disfrutar de las posibilidades que me brindan en Protein Data Bank.
Disponible en los repositorios oficiales, podemos utilizar nuestro gestor de software habitual para su instalación:

Gestor de paquetes Synaptic _057

Instalar RasMol en Synaptic

Una vez instalado, nos encontramos con su acceso en la ruta Ciencia -> Rasmol (GTK):

Menú_058

Ciencia -> RasMol

En realidad, os encontraréis con otro acceso denominado Rasmol (Classic Version), que yo he modificado desde Alacarte para que no sea visible, puesto que deseo que la interfaz gráfica se gestione con bibliotecas GTK nativas de GNOME.
El funcionamiento es el mismo, solo son distintas las interfaces gráficas utilizadas.
Una vez iniciado, este software se nos presentará de la siguiente manera:

Acerca de RasMol_064

Acerca de RasMol

RasMol_059

RasMol

Abrimos el archivo descargado desde el menú File -> Open:

RasMol_060

Menú File -> Open en RasMol

Open File_061

Ventana Abrir en RasMol

Y nos aparecerá el modelo tridimensional renderizado de nuestra macromolécula biológica:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_062

Modelo macromolecular en RasMol

Como he referido anteriormente, la gestión que realiza este paquete, aún disponiendo de recursos escasos, es asombrosa.
Manteniendo el botón izquierdo del ratón pulsado, moveremos los ejes vertical y horizontal nuestra macromolécula.
Si pulsamos el botón Shift + botón izquierdo del ratón, podremos realizar un zoom en cualquier zona de la estructura.
Y con el botón derecho de nuestro ratón podremos mover toda la macromolécula en el visualizador.

Rasmol en acción

Animación de macromolécula en RasMol

Veamos las opciones disponibles para este fantástico software.
Lo que más puede llamar la atención desde el primer momento, es el detalle de la técnica analítica utilizada destacada sobre el título de la ventana en el propio programa.

Selección_063

Detalle título ventana RasMol

Comencemos con su menú File.
Nos ofrece opciones de abrir, abrir reciente, salvar como, exportar a una imagen, cerrar, impresión y configuración de impresión, finalizando con la opción de salir del programa.

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_065

Menú File en RasMol

En segundo lugar, analizamos su menú View.
Nos ofrece la posibilidad de abrir una consola de ordenes (Command prompt):

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_066

Menú View -> Command prompt en RasMol

Podemos habilitar barras de desplazamiento (Scrollbars):

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_067

Menú View -> Scrollbars en RasMol

Scrollbars en Rasmol

Barras de desplazamiento en RasMol

Por defecto, la tercera opción de barra de menús(Menubar), se encuentra habilitada. Es la barra que estamos analizando en este momento. Si lo deseáramos, podríamos deshabilitarla:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_068

Menú View -> Menubar en RasMol

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_069

Barra de menú deshabilitada en RasMol

Podemos habilitar la opción de colocar nuestro visualizador a pantalla completa (Full Screen), para aprovechar todas las pulgadas de nuestro monitor en nuestra macromolécula:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_070

Menú View -> Full Screen en RasMol

Escritorio 1_071

RasMol a pantalla completa

En último lugar de nuestro menú View, podemos definir la tipografía de la consola de ordenes:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_072

Menú View -> Set command font en RasMol

Voy a modificarla desde Sans hacia la tipografía fija que suelo utilizar, Ubuntu Mono:

Cambio tipografia

Cambiar la tipografía de la consola en RasMol

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_073

Tipografía Ubuntu Mono establecida en consola RasMol

En tercer lugar, destacamos un menú que, personalmente, encuentro muy interesante. Se trata del menú Display, que modifica el tipo de visualización en nuestro modelo tridimensional.
Por defecto, RasMol se inicia en la primera opción de este menú, Wireframe:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_074

Menú Display -> Wireframe en RasMol

Wireframe

Wireframe en RasMol

En segundo lugar, encontramos la visualización Backbone:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_075

Menú Display -> Backbone en RasMol

Backbone

Backbone en RasMol

En tercer lugar, encontramos la visualización Sticks:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_076

Menú Display -> Sticks en RasMol

Sticks

Sticks en RasMol

En cuarto lugar, encontramos la visualización Spacefill:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_077

Menú Display -> Spacefill en RasMol

Spacefill

Spacefill en RasMol

En quinto lugar, encontramos la visualización Ball & Stick:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_078

Menú Display -> Ball & Stick en RasMol

Ball & Stick

Ball & Stick en RasMol

En sexto lugar, encontramos la visualización Ribbons:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_079

Menú Display -> Ribbons en RasMol

Ribbons

Ribbons en RasMol

En séptimo lugar, encontramos la visualización Strands:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_080

Menú Display -> Strands en RasMol

Strands

Strands en RasMol

En octavo lugar, encontramos la visualización Cartoons:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_081

Menú Display -> Cartoons en RasMol

Cartoons

Cartoons en RasMol

En noveno y último lugar, encontramos la visualización Molecular Surface:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_082

Menú Display -> Molecular Surface en RasMol

Esta última visualización es, con diferencia, la mayor consumidora de recursos y el movimiento de la macromolécula se vuelve extremadamente difícil.
Quizás esto no suceda en equipos con potencia superior a los de un simple netbook.

Sigamos con el análisis de nuestros menús en la barra de herramienta. En cuarto lugar, vemos el menú Colours, que nos permitirá distintos esquemas de colores en nuestro modelo tridimensional:

En primer lugar, nos encontramos con el esquema de colores Monochrome:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_083

Menú Colours -> Monochrome en RasMol

En segundo lugar, nos encontramos con el esquema de colores CPK, haciendo referencia al sistema de modelos de bolas creado por Corey, Pauling y Kultun, habitualmente usado entre los químicos. Es el esquema por defecto conque RasMol abre los modelos tridimensionales:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_084

Menú Colours -> CPK en RasMol

En tercer lugar, nos encontramos con el esquema de colores Shapely, coloreando los residuos dependiendo de las propiedades del aminoácido:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_085

Menú Colours -> Shapely en RasMol

En cuarto lugar, nos encontramos con el esquema de colores Group, que colorea los residuos dentro de su posición en la cadena macromolecular:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_086

Menú Colours -> Group en RasMol

En quinto lugar, nos encontramos con el esquema de colores Chain, asignando a cada cadena macromolecular un color único:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_087

Menú Colours -> Chain en RasMol

En sexto lugar, nos encontramos con el esquema de colores Temperature, coloreando los códigos de cada átomo, de acuerdo con su temperatura anisótropo:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_088

Menú Colours -> Temperature en RasMol

En séptimo lugar, nos encontramos con el esquema de colores Structure, colorea la macromolécula por la estructura secundaria de la proteína:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_089

Menú Colours -> Structure en RasMol

En octavo lugar, nos encontramos con el esquema de colores User, coloreando la estructura biológica según las ordenes, en este sentido introducidas, dentro del código fuente *.pdb:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_090

Menú Colours -> User en RasMol

En noveno lugar, nos encontramos con el esquema de colores Model, codifica cada modelo NMR con un color distinto:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_091

Menú Colours -> Model en RasMol

En décimo y último lugar, nos encontramos con el esquema de colores Alt, coloreando la estructura base con un color y aplica un número limitado de colores a cada confórmero alternativo:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_092

Menú Colours -> Alt en RasMol

Procedemos ahora a realizar un análisis del quinto menú de nuestra barra de herramientas. Su denominación es Options y encontramos las siguientes posibilidades:

En primer lugar, podemos seleccionar la opción Slab Mode, que nos permite ir seccionando longitudinalmente nuestra macromolécula desde el plano más cercano hacía el más alejado:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_093

Menú Options -> Slab Mode en RasMol

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_094

Slab Mode profundizando en nuestra estructura

Este mismo efecto, lo podemos conseguir con nuestro ratón, manteniendo el botón Control + boton izquierdo del ratón pulsado:

Slab Mode

Al seleccionar Slab Mode, podremos profundizar longitudinalmente en nuestra macromolécula

En segundo lugar, podemos seleccionar la opción Hydrogens, que permitirá la selección de hidrógenos cuando tratemos de identificar átomos individuales en nuestra macromolécula:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_095

Menú Options -> Hydrogens en RasMol

En tercer lugar, podemos seleccionar la opción Hetero Atoms, que permitirá la selección de heteroátomos cuando tratemos de identificar átomos individuales en nuestra macromolécula:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_096

Menú Options -> Hetero Atoms en RasMol

Veremos, dentro de un momento, a que me estoy refiriendo con esto de la selección de átomos individuales. Proseguimos con el cuarto lugar, donde podemos seleccionar la opción Specular, proporcionando brillo luminoso a nuestro modelo:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_097

Menú Options -> Specular en RasMol

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_098

Al activar la opción Specular, la macromolécula adquiere brillo en su superficie

En quinto lugar, podemos seleccionar la opcion Shadows, proporcionando sombreado a nuestra estructura renderizada:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_099

Menú Options -> Shadows en RasMol

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_100

Al seleccionar la opción Shadows, RasMol nos presentará nuestra macromolécula sombreada

En sexto lugar, podemos seleccionar la opción Stereo, que proporciona una imagen especular al lado de nuestra original:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_101

Menú Options -> Stereo en RasMol

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_102

Efecto estéreo en RasMol

En séptimo lugar, podemos seleccionar la opción Labels, que nos proporciona información de cada átomo constituyente de la macromolécula biológica. Esto se consigue gracias a un código de especificadores de dicho átomo.

Código de especificadores

  • %a: Nombre del átomo.
  • %b, %t: Factor b, temperatura.
  • %c, %s: Identificador de cadena.
  • %e: Símbolo de elemento atómico.
  • %i: Número de seriado del átomo.
  • %n: Nombre del residuo en forma de código de tres letras.
  • %r: Número de residuo.
  • %M: Número del modelo NMR (con direccionado ” / “).
  • %A: Identificador de conformación alternativa (con direccionado ” ; “).
RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_103

Menú Options -> Labels en RasMol

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_104

Etiquetas identificadoras en RasMol

A esta distancia, la identificación de estas etiquetas se hace algo difícil. Realicemos un zoom para nuestra comodidad:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_105

Detalle de etiquetas ampliadas en RasMol

Aprovechando la presentación del sexto menú en nuestra barra de herramientas, denominado Settings, os muestro otra interesante característica de nuestro visualizador macromolecular.
Además de poder mover nuestra estructura, podremos utilizar nuestro ratón para ir seleccionando distintas partes de nuestro modelo y, gracias a la ruta View -> Command prompt, iremos viendo distinta información en nuestra consola de ordenes:

Informacion en consola

Según seleccionemos partes de nuestra macromolécula con el ratón, la consola nos mostrará información útil sobre dicha parte

Desde nuestro menú Settings, nosotros decidimos que información se mostrará en nuestra consola. Por defecto, se muestra el código identificador:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_106

Menú Settings en RasMol. Nos ofrece la posibilidad de cambiar la información en nuestra consola cuando seleccionemos algo con nuestro ratón

Y, por último y séptimo lugar tenemos un menú de ayuda Help, que nos proporcionará valiosa información sobre el uso y posibilidades de este programa:

RasMol - 4ATZ X-RAY DIFFRACTION_107

Menú Help en RasMol

En este sentido, aquí os muestro una traducción al español realizada por dos profesores de la Universidad de Granada, la cual me ha resultado muy útil en la realización de este artículo:

MANUAL EN ESPAÑOL RASMOL

No quisiera olvidarme de comentar la posibilidad de visualizar el código fuente de nuestro archivo *.pdb, desde cualquier editor de textos instalado en nuestro equipo:

4ATZ.pdb (~-Descargas-Ciencia) - gedit_108

Código fuente del archivo *.pdb abierto con el editor de textos GEDIT

En otra ocasión, presentaré un excelente programa para poder realizar construcciones moleculares en nuestro equipo de escritorio: Avogadro.
Sirva el presente artículo como agradecimiento a todos esos nombres anónimos que realizan su labor científica en la sombra, sin fama ni gloria, y sin embargo aportan y comparten el mayor tesoro de la humanidad: el conocimiento.

Espero que os haya gustado…

Un mol de libertad…

Este año, el Premio Nobel de Química, ha recaído sobre tres científicos que, desde la década de los 70, han elaborado el desarrollo de modelos informáticos que permiten visualizar y predecir reacciones químicas.
Aquí la nota de prensa realizada por la Academia sobre las motivaciones de este premio.
El problema residía, sobre todo, en la velocidad de estas reacciones (fracciones de milisegundos) que imposibilitaban su estudio.
Gracias a estas tres personas, se han podido hacer avances, por ejemplo, en el estudio de la fotosíntesis.

Esto me ha hecho recordar que, aunque por intereses económicos, las publicaciones de investigación científica no son accesibles para la mayoría y, desde luego no de manera gratuita; si existen grandes bases de conocimientos científicos y técnicos disponible para cualquiera que quiera consultarlos.
En los sistemas de escritorio GNU/Linux, se han desarrollado herramientas para poder acceder a estas Bibliotecas de Alejandría digitales.
Internet mismo nació con este cometido (comunicación entre universidades y comunicación entre militares), aunque luego se haya diversificado hasta los niveles de hoy en día.

Quizás no sea un cosa práctica, pensarán algunos, a no ser que te dediques a ello…
Eso es debatible, pero como mínimo, dado que es público y compartido, si veo interesante tener la opción de acceder a estas bases.

Esto es lo que pretendo con este post, y os pido disculpas por adelantado, dado que mi conocimiento científico es muy limitado.
Seguramente caeré en múltiples errores, pero como mi intención es que podamos llegar al conocimiento explicado por verdaderos profesionales, espero que podáis disculpar esas erratas.

Para la realización de este artículo, he utilizado un sistema Ubuntu 10.04 LTS Lucid Lynx con entorno GNOME2.

A lo largo de otras publicaciones, iré variando paulatinamente el sabor de esta web.

GNULinux (Gnulfato de Linuxito)

Como he comentado en la introducción de este post, el estudio de la química molecular se ha incrementado exponencialmente gracias al desarrollo de modelo informáticos.
Resulta que, dentro del mundo molecular, en el desarrollo de los acontecimientos no solamente afectan los componentes que interactúan, sino como están dispuestos.
Véase el ejemplo de los isómeros, cuya formula química es idéntica y exclusivamente varía su disposición estructural.
Es decir, que un mismo número de elementos con distinta estructura espacial, no resultan en la misma molécula.

Antiguamente, y antes de que esta tecnología estuviera tan desarrollada, el estudio de las estructuras moleculares se realizaban con modelos físicos.
Aquí unas pequeñas muestras, cortesía de una amiga, licenciada en Farmacia:

2013-11-09 21.57.20

Agradecimientos a Mayte G.H.

2013-11-09 21.57.37

Agradecimientos a Mayte G.H.

2013-11-09 21.59.19

Agradecimientos a Mayte G.H.

Desde luego, el proceso de visualización molecular digital, que aquí intentaré explicar, no introduce a tal nivel las estructuras moleculares en nuestras manos, pero resulta cuantificablemente más económico.
Y permite su estudio al mismo nivel de precisión.

Los desarrolladores de software libre son multidisciplinares, y la ciencia no les asusta en absoluto.
De hecho, en los repositorios de las distribuciones mayoritariamente utilizadas, existe una categoría denominada Ciencia que aglutina una enorme variedad de paquetes, y seguramente garantizarán el entretenimiento de los aficionados.

Empecemos por un conjunto de programas llamado:

GNOME CHEMISTRY UTILS

Este paquete, aunque no forma parte del proyecto GNU, tiene su apoyo y respaldo. De tal manera, que le ofrecen alojamiento en su servicio de hosting para software libre: Savannah.
Consta de varias utilidades químicas que iremos desglosando a continuación.
Procedemos, inicialmente, a su instalación:

Instalación de Gnome Chemistry Utils

Para la instalación de este paquete de utilidades, podemos utilizar nuestro Centro de software, realizando una búsqueda del acrónimo gcu (Gnome Chemisty Utils):

GCU en Centro de Software

GCU en Centro de Software

 

O bien podemos utilizar el Gestor de paquetes Synaptic, con una búsqueda idéntica:

GCU en Gestor de paquetes Synaptic

GCU en Gestor de paquetes Synaptic

 

Independientemente de la vía utilizada, este paquete de utilidades químicas, que consta de cuatro elementos, es tratado como un paquete único dentro de los repositorios y una vez instalado, nos encontraremos con ellos dentro de la ruta Aplicaciones -> Ciencia:

Aplicaciones -> Ciencia -> GCU

Aplicaciones -> Ciencia -> GCU

 

Desglosemos estos componentes:

CALCULADORA QUÍMICA (GChemCalc)

Este pequeño programa se define a si mismo como una calculadora molar química. Calcula la formula cruda, el peso molecular, la composición de masas y los patrones isotópicos.

Acerca de gchemcalc_004

Acerca de GChemCalc

Chemical calculator_005

Calculadora química

Analizando su interfaz, podemos observar que disponemos de un recuadro para poder insertar nuestros datos.
Los datos que podemos insertar son, obviamente, elementos químicos. De manera que introduciendo los componentes y su número de átomos, la calculadora nos mostrará diferentes datos sobre dicha formula.
En primer lugar, nos mostrará la primera molécula coherente con dichos elementos y número de átomos.
Pongamos, por ejemplo, el dióxido de carbono (CO):

Chemical calculator_006

Dióxido de carbono en Chemical Calculator

Una vez hemos introducido la formula, la calculadora realizará automáticamente ciertos cálculos para ofrecernos datos útiles sobre dicha molécula.
En este ejemplo, nos muestra el peso molar de dicha molécula y que el 100% de su masa se puede otorgar a su forma molecular más simple, monóxido de carbono (CO):

Chemical calculator_007

Datos relevantes de la pestaña Composition en Chemical Calculator

Realicemos otro ejemplo, esta vez elegimos el agua (HO):

Chemical calculator_008

Agua en Chemical Calculator

En esta ocasión, el peso molecular se debe en un 88% a su elemento oxígeno (O), mucho más pesado que el elemento más simple que existe, el hidrógeno (H).
Nos ofrece además otros datos de interés, como su masa monoisotópica, en la segunda pestaña inferior:

Chemical calculator_009

Pestaña de patrones isotópicos en Chemical Calculator

Masa monoisotópica: Es la suma de las masas monoisotópicas de cada elemento del analito. Es la que se emplea cuando se hacen medidas en alta resolución dentro de la Espectrometría de Masas.

Además, este paquete soporta paréntesis y corchetes, por lo que podemos introducir formulas con mayor nivel de complejidad.

Chemical calculator_045

Ferrocianuro de potasio en Chemical Calculator

Naveguemos por sus diferentes menús.
En primer lugar nos encontramos con su menú File, que contiene las siguientes acciones:

Chemical calculator_046

Menú File en Chemical Calculator

Dentro de la pestaña Composition estas acciones están deshabilitadas, pero si cambiamos a la pestaña Isotopic Pattern, donde aparece la gráfica de sus patrones isotópicos, las acciones se volverán activas:

Chemical calculator_047

Menú File habilitado en Chemical Calculator

El mismo comportamiento podremos observar a través del segundo menú Edit:

Chemical calculator_048

Menú Edit en Chemical Calculator

Chemical calculator_049

Menú Edit habilitado en Chemical Calculator

En el tercer menú, encontramos distintos métodos de interpretación de la formula introducida:

Chemical calculator_050

Menú Mode en Chemical Calculator

    Modos de interpretación en las formulas de GChemCalc:
  • Guess: La calculadora química intentará interpretar cada dato introducido como un átomo, tal y como hemos venido haciendo hasta ahora, o como un grupo conocido. Por ejemplo, un grupo Fenilo (Ph o φ), será perfectamente reconocido por la calculadora:
Chemical calculator_051

Reconocimiento de grupos en Chemical Calculator

  • Atoms: Los símbolos ambiguos serán reconocidos como átomos.
  • Nickname: Los símbolos ambiguos serán reconocidos como grupos.

En el cuarto y último menú Help, el usuario podrá encontrar diversos items de ayuda para poder utilizar:

Chemical calculator_052

Menú Help en Chemical Calculator

VISOR 3D MOLECULAR (GChem3D)

En la introducción de este apartado, comentaba la mejoría, en el ámbito de estudio molecular, que trae consigo esta tecnología. Y este modulo, seguramente sea quien mejor define esta afirmación.

Acerca de GChem3D Viewer_010

Acerca de GChem3D

GChem3D Viewer_011

Visor tridimensional de moléculas

Analizando este paquete, lo primero que nos llama la atención, es que como buen visor, no tiene opción de construir una molécula.

Está diseñado para visualizar estructuras ya definidas.
Para construir una molécula existen otros paquetes de software que veremos más adelante.
El primer item que observamos en su menú principal es Open:

GChem3D Viewer_012

Menú Open en GChem3D

En la siguiente ventana de diálogo, observamos la posibilidad de elegir diversos formatos de archivo:

Abrir_013

Ventana de diálogo Abrir en GChem3D

Formatos de GChem3D

Formatos admitidos en GChem3D

Fijándonos, por ejemplo, en el último formato: Chemical Markup Language (*.cml), y realizando una búsqueda en Google, encontramos diversos repositorios donde tenemos definidas una variedad de moléculas muy amplia.

Os pongo, como muestra, este enlace:

WEB KDE DATA KALZIUM

Categorizadas y ordenadas en grupos, podemos descargar unas muestras de moléculas para poder observar las capacidades de nuestro visualizador.
Observemos algunos ejemplos:

Azane_014

Amoníaco

1,3,7-Trimethylpurine-2,6-dione_015

Cafeína

adenine_016

Adenina

Estos modelos tridimensionales son totalmente manejables, y con el cursor de nuestro ratón podemos observarlos por todos sus ángulos y facetas.

Amoniaco

Amoníaco en movimiento

Cafeina

Cafeína en movimiento

Adenina

Adenina en movimiento

Otro detalle a tener en cuenta de este visor, es la posibilidad de variar las estructuras visuales de los modelos, a través de su menú View:

Azane_017

Balls and sticks en GChem3D

Azane_018

Space filling en GChem3D

Azane_019

Cylinders en GChem3D

Azane_020

Wireframe en GChem3D

Todos ellos resultan manejables y servirán en la visualización tridimensional de la molécula seleccionada.

Y por último, a través de su menú Help, tenemos distintas posibilidades de ayuda en nuestro papel de usuarios del software:

GChem3D Viewer_053

Menú Help en GChem3D

TABLA PERIÓDICA DE LOS ELEMENTOS (GChemTable)

Aunque podríamos pensar que se trata de una simple tabla periódica, este paquete trae consigo algunas funcionalidades realmente competentes.

Acerca de gchemtable_021

Acerca de GChemTable

Tabla periódica de los elementos_022

Tabla periódica de los elementos

Cada elemento es seleccionable, y al pulsarlo, despliega una lista informativa realmente sorprendente. Observemos la información que nos ofrece del hidrógeno (H):

Hydrogen_023

Pestaña Main en ventana informativa del hidrógeno

En la primera pestaña de esta ventana de información nos ofrece los siguientes elementos informativos.

        Elementos de la pestaña:

Main

  • Nombre del elemento químico en diversos idiomas
  • Número atómico del elemento químico: Número total de protones que contiene el elemento.
  • Peso atómico del elemento químico: Masa promedio de sus átomos a razón de 1/12 de la masa de un átomo C.
  • Configuración electrónica del elemento químico: Disposición de los electrones en los átomos sujetas a las reglas de la mecánica cuántica. Combinación de estados cuánticos que son solución para la ecuación de Schrödinger de dicho átomo.

En la segunda pestaña de esta ventana de información nos ofrece los siguientes elementos informativos.

Hydrogen_024

Pestaña Electronic properties en ventana informativa del hidrógeno

        Elementos de la pestaña:

Electronic properties

  • Electronegatividad de Pauling y su gráfica:
Pauling electronegativity_025

Gráfica de la electronegatividad de Pauling en el hidrógeno

Electronegatividad: Medida de la capacidad de un átomo para atraer electrones. La escala de Pauling es una de las más utilizadas.

  • Energías de ionización y su gráfica:
1st. ionization energy_026

Gráfica de energía de ionización del hidrógeno

Energía de ionización: Energía necesaria para separar un electrón en su estado fundamental de un átomo.

  • Afinidades electrónicas y su gráfica:
Electron affinity_027

Gráfica de afinidad electrónica en el hidrógeno

Afinidad electrónica: Energía liberada cuando un átomo gaseoso neutro en su estado fundamental, captura un electrón y forma un ion mononegativo.

En la tercera pestaña de esta ventana de información nos ofrece los siguientes elementos informativos.

Hydrogen_028

Pestaña Radii en ventana informativa del hidrógeno

        Elementos de la pestaña:

Radii

  • Radio covalente y su gráfica:
Covalent radii_029

Gráfica de radio covalente en el hidrógeno

Radio covalente: Mitad de la distancia entre dos átomos iguales que forman un enlace covalente.

  • Radio de Van der Waals y su gráfica:
Van der Waals radii_030

Gráfica de radio de Van der Waasl en el hidrógeno

Radio de Van der Waals: Radio de una esfera sólida imaginaria empleada para modelizar el átomo.

  • Radio metálico: En este ejemplo no es aplicable. Mitad de la distancia entre núcleos de átomos “vecinos” en un cristal metálico.
  • Radio iónico y sus valores: La distancia entre el centro del núcleo del ion y su electrón estable más alejado.

En la cuarta pestaña de esta ventana de información nos ofrece los siguientes elementos informativos.

Hydrogen_031

Pestaña Thermodynamics en ventana informativa del hidrógeno

        Elementos de la pestaña:

Thermodynamics

  • Temperatura de licuación y su gráfica
Melting point_032

Gráfica de temperatura de licuación del hidrógeno

  • Temperatura de vaporización y su gráfica
Boiling point_033

Gráfica de temperatura de vaporización del hidrógeno

Como podemos observar, para poder congelar hidrógeno tendríamos que exponerle a temperaturas bastante extremas:

ConvertAll_034

Conversión de grados Kelvin a grados Celsius

¿Bastante frío, no?
Pues ahora observaremos que no ostenta este record…

Otra de las posibilidades de esta magnifica tabla periódica, es poder variar la visualización de sus elementos teniendo en cuenta otros criterios. Desde la ruta View -> Color scheme:

Tabla periódica de los elementos_035

Menú View -> Color scheme

Las dos primeras opciones que observamos serían No colors y Default, siendo ésta última observable desde el principio, donde cada elemento está representado por un color distinto.

Tabla periódica de los elementos_054

No colors en View -> Color scheme

Tabla periódica de los elementos_055

Default en View -> Color scheme

Pero si nos vamos a la tercera opción Physical states, aparece una barra de temperatura (Kelvin) modificable, para poder observar el cambio de estado en cada elemento a distintas temperaturas:

Tabla periódica de los elementos_056

Physical states en View -> Color scheme

Tabla periódica de los elementos_036

Estado físico de los elementos a 0 grados Kelvin

Aquí nos muestra el hecho de que a 0 Kelvin, todos los elementos son sólidos.
Pero si aplicamos el más mínimo calor, veamos que sucede:

Tabla periódica de los elementos_037

Estado físico de los elementos a 1 grado Kelvin

Vaya, con 1 simple Kelvin, el helio (He) pasa inmediatamente a un estado líquido. Dicho de manera inversa, para congelar helio deberíamos exponerlo a temperaturas increíbles:

ConvertAll_038

Conversión de temperatura de grados Kelvin a grados Celsius

Es decir, que para mantener al helio en estado sólido debe permanecer a ¡¡menos de -273 grados Celsius!!.
Además de ponernos voces graciosas, ya sabemos que elemento ostenta el título en dificultad de congelación.
Al más mínimo estímulo energético, los átomos de este gas noble pierden su estabilidad y empiezan a moverse y vibrar, cambiando su estado.

Esta opción también explica ciertas tendencias, por ejemplo, porque la tecnología más resistente tiende a ser en fibra de carbono.
Observar al carbono (C) en su celda:

Tabla periódica de los elementos_039

Detalle del carbono en la tabla periódica de los elementos

Y ahora, vayamos aumentando la temperatura gradualmente mientras vemos quien permanece fuerte:

Carbono temperatura

Resistencia del carbono a la temperatura

ConvertAll_040

Conversión de temperatura de grados Kelvin a grados Celsius

Vaya, no me extraña la elección…
Y eso que no hemos añadido su ligereza y resistencia como factores de esta decisión.

La cuarta opción, en esta visualización de esquemas, se trata de una categorización por familia de elementos: Family.
Desplegando la lista de categorías por familia, el programa nos irá mostrando los elementos que componen dicha categoría, quedando el resto disipados de color.
Los datos son recogidos desde el repositorio de datos Blue Obelisk. De hecho, es uno de los paquetes dependientes recibidos durante la instalación de Gnome Chemistry Utils.

Tabla periódica de los elementos_057

Family en View -> Color scheme

Tabla periódica de los elementos_043

Familias de elementos en la tabla periódica

Familias de elementos

Lista desplegable de familia en los elementos de la tabla periódica

La quinta opción se trata de una visualización de los elementos, recogidos esta vez con el criterio de la electronegatividad de Pauling. El esquema de colores irá desde el rojo (baja electronegatividad) hasta el azul (alta electronegatividad).
Los datos recogidos para este esquema están obtenidos desde el repositorio de datos Blue Obelisk.
Los elementos no coloreados no significan que no presenten electronegatividad, sino que no se obtienen datos de ellos desde esta base de datos.

Tabla periódica de los elementos_058

Electronegativity en View -> Color scheme

Tabla periódica de los elementos_041

Electronegatividad de los elementos en la tabla periódica

La sexta opción es una visualización de los elementos, desde el prisma de su radio atómico. El esquema de colores irá desde el rojo (radios menores) hasta el azul (radios altos).
De idéntica manera que las anteriores visualizaciones, estos datos son recogidos desde el repositorio Blue Obelisk y los elementos no definidos con color, significan una ausencia de datos.

Tabla periódica de los elementos_059

Atomic radius en View -> Color scheme

Tabla periódica de los elementos_042

Radio atómico de los elementos de la tabla periódica

La séptima y última opción de visualización categoriza los elementos por bloques, es decir, categoriza los componentes de la tabla según el orbital que estén ocupando sus electrones más externos.

Tabla periódica de los elementos_060

Block en View -> Color scheme

Tabla periódica de los elementos_044

Bloques de los elementos en la tabla periódica

Como en los paquetes anteriores, esta tabla periódica viene con un menú de ayuda al usuario, del que podemos concluir diferentes aspectos del uso de este paquete:

Tabla periódica de los elementos_061

Menú Help en GChemTable

VISOR DE ESPECTROS (GSpectrum)

Este visor de espectrometría, de la misma manera que el visualizador tridimensional de móleculas, no tiene la capacidad de generar nada.
Pero permite la visualización de diferentes espectrometrías, tales como:

    Clase de espectrometrías permitidas
  • UV-visible: luz ultravioleta.
  • IR: luz infrarroja.
  • Raman: láser en un rango de luz visible, entre el infrarrojo cercano y el ultravioleta cercano.
  • NMR: Resonancia magnética nuclear.
  • Mass: Espectrometría de masas.

La espectrometría, a grandes rasgos, es un método de análisis de componentes, teniendo en cuenta la forma en que éstos devuelven reflejada la luz.
Y con luz, me refiero a todos los rangos de luz.
Los humanos solo percibimos parte de ese espectro. Una misma flor se vuelve bastante distinta en los ojos de una abeja, que puede percibir luz ultravioleta.

Esta técnica es utilizada para separar los distintos componentes de una sustancia y ver la cantidad de cada uno de ellos.
En un laboratorio farmacéutico, utilizan espectrografía infrarroja para verificar que un principio activo está presente donde debería estar y su nivel de pureza.

Esta técnica es utilizada también en astronomía.
Con ella se puede observar y cuantificar los componentes que forman un cuerpo celeste.

Gracias a esta técnica, se ha descubierto, por ejemplo, que en la débil atmósfera de Marte, se producen en su ecuador grandes cantidades de metano.
Un tanto misterioso, teniendo en cuenta que, según nuestros conocimientos, esta molécula se forma en procesos metabólicos de seres vivos o teniendo agua líquida en altas temperaturas.
Resulta una molécula bastante inestable y todavía no se sabe que puede estar generándola en nuestro rojo vecino.
Por cierto, rojo por su óxido de hierro, abundante en su superficie.

Otro tanto para la espectrometría.

Celestia_064

Marte, el planeta rojo

También se quedarían sorprendidos los marcianos, si al utilizar esta técnica, observarán nuestra, todavía más inestable, atmósfera rica en oxígeno del planeta azul.
Deducirían que algo lo genera, algo vivo, el reino vegetal…

Una vez hecha esta pequeña y, espero, suficientemente correcta presentación (agradecimientos a Carmen M.V, por su tiempo y agradable conversación), pasemos a analizar nuestro modulo.

Acerca de GSpectrum_062

Acerca de GSpectrum

GSpectrum_063

Visor de espectrografías

Para ser sincero, no he conseguido encontrar gran cantidad de archivos para poder mostrar el potencial de este visualizador. Pero leyendo su manual incorporado, me encontré con esto:

Introduction_065

Ayuda de GSpectrum

Realizando una búsqueda de ese formato de archivos JCAMP – DX, me encontré con el siguiente enlace, que trae un pequeño muestrario perfectamente funcional con nuestro modulo:

TEST DATA

Recogiendo uno de ellos, al azar, podemos visualizar como aparecen estos datos en nuestro visor de espectrografías:

2-Chlorphenol_066

Espectrometría del 2-Chlorphenol

Estos datos, en ojos expertos, son los que proporcionan valiosa información sobre la composición de una sustancia en particular.
Dependiendo del tipo de espectrometría utilizado en el archivo, la barra de modificación cartesiana se volverá más o menos completa, dejándonos controlar otros factores de visualización.
Como podemos observar en las siguientes capturas, sus menús de acción son muy similares a los anteriormente analizados:

GSpectrum_067

Menú File en GSpectrum

GSpectrum_068

Menú Edit en GSpectrum

GSpectrum_069

Menú Help en GSpectrum

Una vez hemos terminado con este paquete de “pequeñas” utilidades químicas, procedemos a completar el software con otros dos programas de interesante utilidad.

EDITOR 2D DE ESTRUCTURAS QUÍMICAS (GChemPaint)

Aunque en su web, informan de su integración con GNOME CHEMISTRY UTILS, dejando atrás sus inicios como proyecto por separado, en realidad este paquete se sigue instalando de manera independiente.
Abrimos el Centro de software o el Gestor de paquetes Synaptic, realizando una búsqueda de su nombre, gchempaint :

Centro de software de Ubuntu_070

GChemPaint en Centro de Software

Gestor de paquetes Synaptic _071

GChemPaint en Gestor de paquetes Synaptic

Desde luego, ambos gestores si relacionan este paquete con gcu. Pero su instalación, como he dicho, se realiza todavía por separado.
Una vez finalizada la instalación, nos encontramos con este paquete en la ruta Aplicaciones -> Ciencia:

Menú_072

Aplicaciones -> Ciencia -> GChemPaint

Antes de explicar su funcionamiento, es buen momento para realizar un par de comentarios sobre este paquete.
Este software es el primer constructor químico que aparece en el artículo, y aunque es perfectamente capaz de gestionar formulación inorgánica, parece diseñado con el propósito de trabajar en el ámbito de la química orgánica.
Esto lo digo, teniendo en cuenta los distintos elementos que aparecerán, ahora lo veremos, en su cuadro de herramientas.
Los distintos elementos seleccionables, para facilitarnos la edición y gestión de formulas químicas, siguen las pautas y reglas de la formulación esqueletal y la estereoquímica, que es parte de la primera.
Ambas ramas de estudio de la química tienen muy en cuenta la disposición estructural de la molécula representada.
Esto no es ninguna casualidad, el desarrollador de este software es el mismo que Gnome Chemistry Utils, Jean Bréfort. Y como buen autor de software, ha pensado en el uso transversal de sus programas.
Los formatos aceptados por GChemPaint son los siguientes:

    Formatos aceptados en GChemPaint:
  • Native format (*.gchempaint)
  • Chemical Markup Language files (*.cml)
  • MDL MOL files (*.mdl; *.mol)
  • PDB files (*.pdb; *.ent)
  • ChemDraw eXchange files (*.cdx)
  • ChemDraw eXchange XML files (*.cdxml)
  • PubChem ASN.1 ASCII Format files (*.asn)
  • PubChem ASN.1 Binary Format files (*.asn; *.val)
  • PubChem ASN.1 XML Format files (*.pc)
  • XYZ Co-ordinate Animation Format (*.xyz)

Exceptuando el formato nativo, todos los demás formatos serán aceptados con la dependencia OpenBabel, instalable como cualquier otro software:

Gestor de paquetes Synaptic _096

OpenBabel en Gestor de paquetes Synaptic

Como habéis podido observar, he remarcado en cursiva, los formatos que son compartidos con nuestro visor tridimensional de moléculas, analizado anteriormente.
Tal y como estaréis suponiendo, un mismo archivo puede ser abierto por ambos programas, permitiéndonos en cierta manera, construir modelos moleculares tridimensionales a partir de una edición en dos dimensiones.

Por ejemplo, si yo intentó abrir la molécula de amoníaco, utilizada anteriormente con GChem3D, veremos que sucede:

Untitled 1_097

Abrir un archivo en GChemPaint

Abrir_098

Ventana de diálogo Abrir archivo en GChemPaint

Azane_099

Amoníaco en GChemPaint

Desde una representación tridimensional, nuestro editor nos transforma esta molécula en su formula esqueletal de dos dimensiones.

¿Situación inversa?… Por supuesto, escojamos una plantilla predefinida que nos ofrece nuestro editor en dos dimensiones, el benceno, y lo salvamos con un formato .cml.

Benceno

Añadiendo benceno en GChemPaint

Save as_100

Guardar benceno en formato .cml

El paso siguiente es intentar abrirlo con nuestro visor tridimensional, GChem3D:

Benceno2

Benceno en GChem3D

De esta manera, nuestro editor de estructuras químicas bidimensional, nos sirve de una manera bastante simple, como constructor tridimensional.
Posteriormente analizaremos otro constructor tridimensional molecular más completo.

Procedamos, ahora, a desglosar el paquete que centra nuestra atención.

El software, una vez iniciado, consta de dos interfaces. Un cuadro de herramientas, donde iremos seleccionando los distintos componentes y enlaces para nuestra formulación química y un editor, que nos irá mostrando los resultados de nuestra formulación.

Acerca de GChemPaint_095

Acerca de GChemPaint

Escritorio 1_073

GChemPaint al completo

_074

Cuadro de herramientas GChemPaint

Untitled 1_075

Editor GChemPaint

Observemos, en primer lugar, nuestro cuadro de herramientas, para analizar las diferentes opciones de construcción y formulación de las que dispone.
En su parte superior, dispone de cinco botones que nos permitirán diferentes acciones, sobre todo relacionadas con la edición de los elementos de nuestro editor:

  • Selección de objetos: Seleccionar y mover en nuestro editor los distintos componentes de la formula química.
_076

Seleccionar objetos en GChemPaint

Al tener seleccionado este elemento, en la parte inferior aparecen distintas acciones para un rápido acceso a los distintos movimientos del componente:

Movimiento en el eje vertical:

_089

Movimiento en el eje vertical

Movimiento en el eje horizontal:

_090

Movimiento en el eje horizontal

Movimiento de rotación:

_091

Movimiento de rotación

Unión de moléculas:

_092

Unión de moléculas

Union y rotacion benceno

Ejemplo de unión y rotación en dos moléculas de benceno

  • Borrador: Eliminar componentes en nuestro editor de formulas químicas.
_077

Borrador en GChemPaint

  • Uso de plantillas predeterminadas: Uso de determinadas plantillas con grupos químicos categorizados.
_078

Plantillas predefinidas en GChemPaint

Plantillas en GChemPaint

Listado de plantillas predefinidas en GChemPaint

  • Publicación de Wikipedia: Exporta nuestras ediciones en un formato adecuado para Wikipedia.
_079

Exportar a Wikipedia en GChemPaint

  • Texto: Añadir un texto aclaratorio o explicativo en nuestra formulación química
_080

Añadir texto en GChemPaint

En la segunda hilera de botones, nos encontramos con los siguientes elementos, que nos permitiran la acción directa sobre los elementos químicos que vamos a utilizar:

  • Añadir o modificar un átomo: Introduce en nuestra formula, átomos simples de elementos.
_081

Añadir un átomo en GChemPaint

Al tener seleccionada esta acción, podemos introducir los elementos de dos maneras:

1.- Escribiendo la inicial del elemento sobre el editor, nos aparecerán los distintos elementos que contengan esa inicial.

Untitled 1_093

Introducir átomo directamente en el editor GChemPaint

2.- La lista desplegable de tabla periódica, que se encuentra en la parte inferior del cuadro de herramientas.

Escritorio 1_094

Lista desplegable de tabla de los elementos en GChemPaint

  • Añadir o modificar un grupo: Introduce en nuestra formula química, un grupo de átomos de elementos.
_082

Introducir grupos de átomos en GChemPaint

Cuando escogemos este item, el editor nos permite la introducción de grupos de átomos de manera directa:

*Untitled 1_101

Introducir grupos de átomos en GChemPaint

  • Incrementar la carga positiva de un átomo.
_083

Incrementar la carga positiva local en GChemPaint

Incrementemos, a modo de ejemplo, la carga de una molécula de metano.

*Untitled 1_102

Metano en GChemPaint

*Untitled 1_103

Metano después de incrementar su carga positiva local

  • Incrementar la carga negativa de un átomo.
_084

Incrementar la carga negativa local en GChemPaint

Incrementemos, al modo anterior, la carga de una molécula de metano.

*Untitled 1_104

Metano en GChemPaint

*Untitled 1_105

Metano después de incrementar su carga negativa local

  • Añadir un número par de electrones a un átomo.
_085

Añadir un número par de electrones en GChemPaint

Por ejemplo, se lo añadimos a una molécula de agua. En esta ocasión, nuestro editor utiliza simbología propia de la estructura de Lewis.

*Untitled 1_106

Agua en GChemPaint

*Untitled 1_107

Par de electrones añadidos al átomo de oxígeno. Dos electrones para dos hidrógenos.

Si mantenemos pulsado el botón de nuestro ratón, mientras añadimos este par de electrones, podemos incluso elegir la disposición angular respecto del átomo al que los añadimos.

Posicion par electrones

Disposición elegida del par de electrones añadidos

  • Añadir un número impar de electrones a un átomo.
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Añadir un número impar de electrones en GChemPaint

Hagamos el ejemplo con nuestra molécula de agua.

*Untitled 1_108

Agua en GChemPaint

*Untitled 1_109

Electrón añadido en el elemento oxígeno. Un sólo electrón conlleva la perdida de un hidrógeno al no tener electrón que lo enlace.

De la misma manera que realizamos anteriormente, podemos elegir el ángulo y disposición espacial del electrón añadido.

Posicion electron

Disposición del electrón añadido a nuestro átomo

La tercera hilera de botones, más relacionada con los enlaces entre los átomos o grupos de éstos, tiene las siguientes funcionalidades.

  • Añadir o modificar un enlace.
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Añadir un enlace simple en GChemPaint

La representación común de un enlace en formulación orgánica suele ser la de un enlace covalente carbono – carbono o carbono – hidrógeno.
También se usa para representar un enlace con un heteroátomo, siendo este último representado por su nomenclatura química ordinaria ( N para el nitrógeno, Cl para el cloro, etc…)
No ofrece información de disposición estructural, por lo que no nos aporta datos estereoquímicos, aunque podemos determinar su posición y ángulo si así lo deseamos.
Añadiendo varios puede representar enlaces dobles o triples.

  • Añadir una cadena.
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Añadir una cadena en GChemPaint

Buscando la simplificación en la representación, cuando añadimos una cadena, y sabiendo que el átomo de carbono buscará su octeto más estable, no representamos sus enlaces covalentes con los 3 hidrógenos en los extremos o con 2 hidrógenos en las partes intermedias de la cadena.
Suele representar una estructura lineal de carbonos enlazados.

  • Añadir un enlace en cuña continuo.
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Añadir enlace en cuña continuo en GChemPaint

Representación de un enlace que se acerca al observador.

Es la manera de representar cercanía en una formulación de dos dimensiones.

  • Añadir un enlace en cuña discontinuo.
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Añadir un enlace en cuña discontinua en GChemPaint

Representación de un enlace que se aleja del observador.

Es la manera de representar lejanía en una formulación de dos dimensiones.

  • Añadir un enlace en forma ondeada.
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Añadir un enlace en forma ondeada en GChemPaint

Representación de un enlace con una estereoquímica desconocida.

Es decir, se desconoce la disposición estructural de este enlace.

  • Añadir un enlace en negrita.
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Añadir un enlace simple en el mismo plano espacial en GChemPaint

Representación de una enlace que se mantiene en el mismo plano estructural desde el punto de vista del observador.

La cuarta hilera de botones viene concebida para la introducción de distintos tipos de ciclos orgánicos, con su número de miembros.

_001

Ciclos orgánicos dispuestos según su número de miembros en GChemPaint

De izquierda a derecha, los tipos de ciclos introducidos serán de tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho o un número indeterminado de miembros.
En la naturaleza, los ciclos orgánicos más habituales suelen ser de cinco o seis miembros.

La quinta hilera de botones está diseñada para la representación de reacciones químicas.
Reacción química: Todo proceso termodinámico en el cual una o más sustancias, por efecto de un factor energético, se transforman, cambiando su estructura molecular y sus enlaces.

    Tipos de reacción química representados:
  • Reacción irreversible
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Reacción química irreversible en GChemPaint

  • Reacción reversible
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Reacción química reversible en GChemPaint

  • Síntesis
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Síntesis en GChemPaint

  • Isomería
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Isomería en GChemPaint

Para introducir una reacción química, pongamos por ejemplo, la hidrogenación del benceno, solamente tenemos que añadir los componentes, seleccionarlos con el ratón y hacer click en el botón derecho.
Aparecerá un menú contextual, que nos ofrecerá la agrupación o alineación de los componentes y la posibilidad de realizar una reacción entre ellos:

Añadir reaccion quimica

Añadir reacción química en GChemPaint

El menú contextual del editor, nos ofrece además otros valiosos recursos, siguiendo con la tónica de nuestra molécula de benceno, veamos que nos ofrece:

Menu contextual benceno

Menú contextual del editor en una molécula de benceno

Vaya, os habéis fijado en la ruta Molecule -> Open in a calculator?

Menú_007

Menú contextual Molecule -> Open in Calculator

Como anteriormente he referido, a este autor le gusta el uso transversal de sus programas:

Chemical calculator_008

Chemical calculator abierta desde GChemPaint

Solamente nos resta estudiar, los distintos tipos de menús que ofrece nuestro editor para ayudarnos a gestionar el software, junto con su barra de herramientas para acceso rápido a ciertas funciones.
En primer lugar, observamos su menú File, donde encontraremos componentes para generar, abrir, guardar, imprimir o salir del programa:

Untitled 1_001

Menú File en GChemPaint

En segundo lugar, observamos su menú Edit, donde encontraremos items para deshacer, rehacer, cortar, copiar, pegar, limpiar (memoria de edición, no el editor), seleccionar y por último las preferencias del editor, a las que echamos un breve vistazo:

Untitled 1_002

Menú Edit en GChemPaint

GChemPaint Preferences_003

Ventana Preferencias en GChemPaint

En las preferencias podemos observar que, este paquete nos ofrece la posibilidad de gestionar tres temas distintos de presentación. Por defecto, su tema es GChemPaint.

En tercer lugar, observamos su menú View, donde nos ofrece la posibilidad de aplicar más o menos zoom a nuestro editor y así tener un control más óptimo de nuestras formulas:

Untitled 1_004

Menú View en GChemPaint

En cuarto lugar, observamos su menú Tools, que nos ofrece una interesante gestión de los residuos generados en las reacciones formuladas:

Untitled 1_005

Menú Tools en GChemPaint

Residues_006

Gestión de residuos en GChemPaint

Podemos introducir la gestión de un residuo nuevo, como observamos en la captura anterior, o podemos modificar las plantillas de residuos existentes, como observamos en la siguiente captura:

Residuos

Lista predefinida de gestión de residuos en GChemPaint

En quinto lugar, observamos su menú Windows:

Untitled 1_007

Menú Windows en GChemPaint

Y en sexto y último lugar, observamos su menú Help, que como en todos los paquetes anteriores, nos proporciona ayuda de uso para este programa:

Untitled 1_008

Menú Help en GChemPaint

En su parte inferior, tenemos una barra de acceso rápido para ciertas funciones:

Untitled 1_009

Barra rápida de acciones en GChemPaint

Finalizamos con este paquete, y procedemos a analizar el último paquete, en este artículo.

VISOR DE ESTRUCTURAS CRISTALINAS (GCrystal)

Al igual que sucedía con GChemPaint, este paquete tiene tendencia a unirse con el grupo de utilidades químicas GCU (Gnome Chemistry Utils).
Esa es la decisión del autor de todos los programas GNOME que aparecen en este post, Jean Bréfort, unificar todo su creación de software químico.
Pero, actualmente, la instalación se realiza de manera independiente.

Abrimos nuestro Centro de software o nuestro Gestor de paquetes Synaptic, y realizamos la búsqueda de su nombre, gcrystal:

Centro de software de Ubuntu_001

GCrystal en Centro de Software

Gestor de paquetes Synaptic _002

GCrystal en Gestor de paquetes Synaptic

Encontramos nuestro programa en la ruta Aplicaciones -> Ciencia -> GCrystal:

Menú_003

Aplicaciones -> Ciencia -> GCrystal

Esta herramienta cristalográfica, es un visualizador ligero de estructuras cristalinas, y además se puede utilizar perfectamente como constructor de éstos.
Material cristalino: Es aquel en el que los átomos se estructuran en redes basadas en la repetición tridimensional de sus componentes. A la estructura que se repite se la denomina célula o celda cristalina.

Acerca de gcrystal_004

Acerca de GCrystal

Gnome Cristal_005

Visualizador cristalográfico

Este paquete funciona con los siguientes formatos:

    Formatos admitidos por GCrystal:
  • Crystallographic Information Format (*.cif)
  • Crystalline structure model

Esperándonos en la red, existen varios repositorios de modelos cristalinos. Sobre todo en formato CIF, donde existen bases con un gran volumen de estas estructuras.
Os pongo un enlace desde donde os podéis descargar muchos ejemplos:

CRYSTALLOGRAPHY OPEN DATABASE

Una vez descargados, los podemos abrir y visualizar desde nuestro visor:

7015747.cif_006

Estructura cristalina en GCrystal

De la misma manera que GChem3D, estos modelos son manejables con el cursor de nuestro ratón y podemos desplazarnos por su estructura a nuestro deseo:

Cristal

Estructura cristalina en movimiento

Procedamos, ahora, a visualizar sus diferentes menús.
En primer lugar, nos encontramos con su menú File, desde donde podemos gestionar acciones tales como abrir, guardar, imprimir y salir del modulo.

SinNombre1_007

Menú File en GCrystal

En segundo lugar, nos encontramos con su menú Edit, desde donde podemos gestionar las preferencias del paquete:

SinNombre1_008

Menú Edit en GCrystal

Preferences_009

Preferencias de GCrystal

Las preferencias que podemos modificar van relacionadas con la visualización e impresión del modelo.

En tercer lugar, nos encontramos con un menú muy interesante, Crystal. Y nos detenemos a analizarlo, con mayor profundidad, puesto que este menú es sirve como constructor de modelos cristalinos.

SinNombre1_010

Menú Crystal en GCrystal

    Elementos del menú Crystal:
  • Lattice: Enrejado o entramado. Desde este menú podemos decidir que aspecto tendrá la estructura repetida dentro de un orden en nuestro cristal
Cell_011

Ventana Lattice en GCrystal

Podemos desplegar la lista Red, para elegir el patón que más convenga a nuestros deseos:

Lista patrones

Lista de patrones Lattice en GCrystal

  • Atoms: Definición de los elementos del cristal y su posición dentro de la celda cristalina
Átomos_012

Ventana Atoms en GCrystal

Las coordenadas x, y, z decidirán en que lugar de la celda cristalina irá el átomo, por ejemplo, en las coordenadas 0, 0, 0 se representará el átomo en el vértice, y con las coordenadas 5, 5, 5 se representará el átomo en el centro de la celda.

Podemos incluso elegir que tipo de enlaces formarán dichos átomos:

Átomos_013

Selección de enlaces en ventana Atoms de GCrystal

  • Bond and lines: Visualización de enlaces y bordes de la estructura
Lines_014

Ventana Lines en GCrystal

  • Size: Definición del tamaño de la celda cristalina
Crystal size_015

Ventana Size en GCrystal

Clivajes_016

Ventana Clivajes en GCrystal

Atendiendo a todas estas definiciones de propiedades cristalográficas, podemos construir cualquier modelo cristalino.

En cuarto lugar, nos encontramos con su menú View, desde donde podemos gestionar las preferencias de visualización:

SinNombre1_017

Menú View en GCrystal

View settings_018

Configuración de vista en GCrystal

En quinto lugar, nos encontramos con su menú Windows, desde donde podemos abrir nuevas ventanas o cerrar la ventana en la que nos encontramos:

SinNombre1_019

Menú Windows en GCrystal

Y en sexto lugar, no podía faltar nuestro menú Help, para poder entender mejor el uso de este fantástico modulo.

SinNombre1_020

Menú Help en GCrystal

Y para el próximo post, construcción y visualización de moléculas biológicas complejas y secuenciación de genes.

Epidemia de pingüinos. Pandemia de ñus…

Espero que os haya gustado.

Fundamentos de programación. Constantes en C#.

Para la realización de este artículo he utilizado Ubuntu 10.0.4 LTS Lucid Lynx, con entorno GNOME 2, como sistema operativo y MonoDevelop 2.2 como entorno de desarrollo.

Después de varios post sobre administración, toca ahora, retomar la serie de fundamentos en programación que comencé en este artículo, donde comentaba la importancia de las variables desde el punto de vista del desarrollo de software.

Bien, una paradoja de las variables en C#, es precisamente que podemos quitarles su esencia, la variabilidad, y convertirlas en su antónimo.
Pueden funcionar como constantes.

Y si el uso de las variables es lo que nos proporciona versatilidad en nuestro software, el uso de constantes nos proporcionará comodidad a la hora de desarrollarlo.

Imaginemos, por ejemplo, que nos enfrentamos a algoritmos propios de geometría y trigonometría.
Intentemos diseñar un pequeño programa, que nos permita calcular la longitud de una circunferencia:

Longitud de la circunferencia de radio r :

C = 2 * Π * r

Donde C es la longitud de la circunferencia y r es el radio de la misma.
Vamos a empezar a diseñar nuestro pequeño programa. Desplegamos nuestro entorno de desarrollo desde Aplicaciones -> Programación -> MonoDevelop:

Aplicaciones > Programación > MonoDevelop

Se carga nuestro editor de la siguiente manera:

Pantalla de carga MonoDevelop

Pantalla inicial de MonoDevelop

Iniciamos una nueva solución:

Iniciar una solución en MonoDevelop

Al igual que en el primer post, vamos a diseñar una aplicación de consola para quitarnos el proceso de diseño gráfico de la interfaz. Elegimos esta opción en nuestro entorno:

Pantalla de diálogo Nueva Solución en MonoDevelop

Nos ofrece la posibilidad de integrar funcionalidades a nuestra aplicación, como acabo de decir, es recomendable simplificar nuestra aplicación cuando estamos practicando los fundamentos del lenguaje.
No marcamos ninguna de ellas:

Pantalla de agregar funcionalidades a nueva solución en MonoDevelop

Según aceptemos estas condiciones, nos aparece nuestro editor para empezar a diseñar nuestro código:

Pantalla de edición de código inicial en MonoDevelop

Borramos la línea predefinida “Hola mundo” que nos crea el editor y ya tenemos nuestro lienzo en blanco:

Editor preparado para nuestro código propio

Analicemos ahora nuestro problema.
Queremos hallar la longitud de una circunferencia de un determinado radio. Aquí podemos empezar desglosando ciertas posibilidades:

      Cuestiones sobre el radio r
  • ¿Será arbitrario o permitiremos que el usuario elija su valor?
  • ¿Será un radio entero o racional?
  • Si es un radio racional, ¿qué cantidad de decimales permitimos introducir?

Como podéis observar, la parte fundamental del desarrollo de un programa es precisamente esta.
No existe una sola receta para aplicar. Y decidir que permitirá, o no, nuestro software, cuando comience a funcionar, es clave antes de comenzar a escribir ningún código.

De las cuestiones anteriores, la primera nos plantea una decisión de estructura en nuestro código y las dos posteriores atañen directamente al tipo de datos seleccionado.
Si la respuesta a la primera pregunta es que nuestro radio será arbitrario, seremos nosotros como desarrolladores quien elijamos el valor de esta variable.
Si la respuesta a la segunda pregunta es que será un radio entero, lo declararemos así en su tipo de datos.

Un primer boceto, cumpliendo estas condiciones, sería algo así:

Longitud de una circunferencia en C#. Versión 1

Probemos la ejecución de este primer bosquejo:

Test de Longitud de circunferencia en C#. Versión 1

Es funcional…
Como podemos observar, en la línea 9, hemos cumplido las condiciones que nos imponemos desde el principio:

int r = 2;

Definimos un tipo de dato de número entero y además asignamos un valor arbitrario.
Pero existen ciertos aspectos que no hemos podido elegir, pi (Π) tiene que ser necesariamente decimal, si queremos un mínimo de fiabilidad en la longitud que nos ofrece nuestro programa.
Como la longitud de la circunferencia depende directamente de este valor (Π), también nos “fuerza” a que su tipo de datos sea decimal.
Pero, claro, puestos a criticar este código, yo diría que es muy limitado en funcionalidad (sólo es válido para un único valor de radio) y en precisión (dos valores decimales).

Vamos a mejorar su diseño y su precisión. Demos la oportunidad al usuario de seleccionar el valor y añadamos más fiabilidad en el resultado de la longitud C.

Longitud de una circunferencia en C#. Versión 2

Probemos este segundo diseño:

Test de Longitud de circunferencia en C#. Versión 2

La funcionalidad para que el usuario tenga la libertad de elegir el valor de r está implementada. Elegimos un valor al azar:

Test de Longitud de circunferencia en C#. Versión 2

Y comprobemos el resultado:

Test de Longitud de circunferencia en C#. Versión 2

Vamos a verificar este valor con un programa ya probado, como puede ser la calculadora de Google:

Comprobación y verificación del resultado en otro programa independiente

Comprobación y verificación del resultado en otro programa independiente

Pues no solo es funcional, sino que es, incluso, más preciso que la calculadora on-line de Google, dado que le hemos permitido mayor número de decimales.
Pero este código no es del todo exacto…

La formula de la longitud de la circunferencia responde a una constante universal.
¿Porque añadimos pi (Π)?
¿A que significado responde este número arbitrario?

Imaginemos un pequeño experimento mental…
Queremos calcular cuanto mide la rueda de nuestra bicicleta si pudiéramos cortarla y extenderla en el suelo. Como es lógico, lo vamos a realizar sin dañar dicha rueda.
Si podemos realizar ciertos actos que nos permitirá este calculo sin infligir daño alguno a nuestra bicicleta.
Podemos medir el diámetro de nuestra rueda, de punta a punta. Esto equivale a medir un radio y sumarle su contiguo. Es decir … 2 * radio (imaginando que este radio se introduce en la goma de la rueda y llega hasta el extremo).
Dibujamos una línea en el suelo, dividida en partes. Cada parte medirá exactamente el diámetro que hemos medido de nuestra rueda. Pongamos, por ejemplo, una línea que mida 4 veces este diámetro…
Ahora dibujamos una marca en un extremo de la rueda y comenzamos a girarla por nuestra línea. Esta marca volverá a su posición inicial, justo al entrar en la cuarta sección de nuestra línea, aproximadamente.
Exactamente habremos recorrido 3.14159265359 veces el diámetro de nuestra rueda. Independientemente del tamaño de esta rueda. Si medimos la rueda trasera de un tractor o la de un triciclo sucederá absolutamente lo mismo.
Esto quiere decir que pi (Π) nunca varía. Es una CONSTANTE. En cualquier formula donde entre en juego la relación entre el diámetro y la longitud de una circunferencia esté número será invariable.

Esta circunstancia debemos reflejarla en nuestro código. Lo haremos de la siguiente manera:

Longitud de una circunferencia en C#. Versión final

La palabra clave const, indica al compilador que, una vez declarado el valor, este permanecerá inmutable durante todo el código. Se añaden, además, otras ventajas:

Ventajas del uso de constantes

  • Ante valores muy extensos, como el caso de Π, no tendremos más que escribir el identificador pi permitiendo mayor rapidez de desarrollo y menor posibilidad de errores.
  • En el caso de tener que cambiar el valor de una constante, por ejemplo, cambiar un programa con la aceleración de la gravedad en la Tierra para que sea funcional en la Luna, solamente será necesario cambiar este valor en su declaración inicial y se hará efectivo en todo el código.

Así que, como podemos observar, en determinados casos, hacer que nuestra variable no pueda variar, es muy conveniente.

Ahora me ves…

Este post está realizado en Ubuntu 10.0.4 Lucid Lynx con GNOME2 como sistema de escritorio.
He realizado este procedimiento con una tarjeta multimedia de baja capacidad, pero es efectivo con cualquier dispositivo extraíble como, por ejemplo, un USB.

Dando un repaso a mi cajón-desastre, donde doy rienda suelta a mi Síndrome de Diógenes digital, me encontré con esta tarjeta MultiMediaCard (MMC), perteneciente a una de mis primeras cámaras digitales.

Se da la feliz circunstancia de que en mi netbook existe una ranura específica para este tipo de tarjetas…

2013-08-20 13.38.21

El único “pero” de esta situación, como se puede apreciar en la fotografía, es su baja capacidad.
Solamente 16 MB.
Teniendo en cuenta estos factores, y mezclando algunos conceptos de sistemas GNU/Linux, se puede realizar un uso bastante útil de este dispositivo.

La idea es bastante simple:

En los tiempos que corren, es habitual tener una voluminosa cantidad de cuentas de usuario, con sus respectivas contraseñas.
Una practica normal ante esta situación es tener un usuario y un password “plantilla” y utilizarlos en todos estos servicios.
Esto supone un gran riesgo, puesto que si consiguen romper nuestra “frecuente” contraseña, todas nuestras cuentas quedarían comprometidas.
No hace muchos meses, las compañías Evernote y LinkedIn, entre otras, vieron asaltadas sus bases de clientes, recomendando a los mismos, un cambio de password en su servicio y en cualquier otro donde coincidiera dicha contraseña.

Usando un gestor de contraseñas personales, podemos forjar una base de datos con usuarios y passwords totalmente independientes entre si, sin tener que forzar nuestra propia memoria más allá de unos límites razonables.

En los repositorios tenemos gran cantidad de opciones, por ejemplo, KeePass, una opción muy interesante si usamos sistemas operativos distintos en nuestra vida diaria, como Windows o GNU/Linux, gracias a su característica de software multiplataforma.

De esta manera, podríamos tener una única base de datos válida en ambos sistemas.

En mi caso, utilizo Windows únicamente como sistema de desarrollo, y Ubuntu como sistema de desarrollo y personal, por lo que mi elección es Revelation debido a un sentido práctico que explicaré más adelante…

Una vez hemos elegido nuestro gestor de contraseñas, la idea es utilizar nuestra tarjeta MMC para guardar dicha base de datos, aplicando tres capas de accesibilidad y cifrado, blindando esta información.

Hecha esta introducción, procedo a explicar el proceso y el porqué de utilizar este dispositivo:

NO LO TENGO…

No hay nada más simple para evitar que sustraigan información que sencillamente no tenerla.
Y con no tenerla, me refiero a donde se espera tenerla.
El uso de las contraseñas sólo cobra sentido cuando se solicitan, que permanezcan más tiempo en nuestro equipo es un riesgo que no aporta ningún valor.
Si alguien consiguiera romper mi red y el cifrado de mi disco, tendría acceso a toda la información de mi ordenador.
De acuerdo, mi privacidad quedaría quebrantada, pero no tengo porque ofrecer más botín… la información realmente importante permanecerá inaccesible físicamente todo el tiempo que pueda.

Preparemos nuestra tarjeta (u otro dispositivo) con gnome-disk-utility, una vez hemos introducido la misma en nuestro equipo:

El navegador de archivos Nautilus reconoce nuestro dispositivo y muestra este suceso.

Escritorio 1_001

De manera predeterminada, Nautilus realiza automáticamente un punto de montaje para enseñarnos su contenido.

Escritorio 1_002

Dejarlo de esta manera, independientemente de las dos capas de accesibilidad que nos quedan por implementar, me parece un poco irresponsable.
Al fin y al cabo, mi equipo es un netbook y no es raro desplazarme con él llevando esta tarjeta encima (esta es la idea), así que procedemos a cifrar nuestro dispositivo.

Nos dirigimos a la ruta Sistema -> Administración -> Utilidad de discos para iniciar gnome-disk-utility:

Menú_003

Una vez iniciado, el programa nos reconoce el dispositivo montado con la denominación Generic Multi-Card:

Generic- Multi-Card (Generic- Multi-Card) [-dev-sdb]: utilidad de discos_004

Desmontamos el dispositivo para desbloquearlo ante futuros procesos.
En la parte inferior derecha de Utilidad de discos, nos ofrecen la posibilidad de dar formato a este dispositivo. Procedemos a realizarlo:

Generic- Multi-Card (Generic- Multi-Card) [-dev-sdb]: utilidad de discos_005

Una vez iniciamos el proceso, nos aparecen distintas opciones de configuración del dispositivo:

Formatear Partición 1 de Generic- Multi-Card_006

Además de poner el nombre (no es buena idea poner algo muy identificativo en este caso) y el sistema de ficheros que más nos convenga, nos interesa, sobre todo, esta opción:

Formatear Partición 1 de Generic- Multi-Card_007

Al seleccionarla, entrará en juego cryptsetup o LUKS, un sistema de cifrado de discos:

Formatear Partición 1 de Generic- Multi-Card_008

Nos pedirá confirmación:

Ventana sin título_009

Y al ser un dispositivo cifrado, nos solicitará una de las tres contraseñas que debemos recordar, junto con la posibilidad de reservarla en memoria durante el tiempo que nosotros veamos conveniente.
Esta opción, hasta cuando damos permiso al sistema para recordar esta contraseña, aparecerá en cada ocasión que insertemos el dispositivo.
Yo recomiendo la siguiente opción:

Introducir la contraseña_010

Quedando, antes de aceptar, de la siguiente manera:

Introducir la contraseña_011

Al finalizar el proceso, Utilidad de discos nos indicará el éxito del mismo de la siguiente manera:

Generic- Multi-Card (Generic- Multi-Card) [-dev-sdb]: utilidad de discos_012

Para adelantarme a la cuestión que os estaréis sugiriendo, explico lo siguiente:

Desde luego si eligiera la opción “Recordar para siempre”, el cifrado no tendría ningún sentido para cualquier persona que conociera mi contraseña de inicio de sesión.
Hasta aquí, estamos de acuerdo…

Pero, si esto se trata de seguridad… ¿por qué no escoger la opción “Olvidar inmediatamente la contraseña”??
¿No se trata de tener la mayor seguridad posible?

Si, es así, pero con la mayor comodidad también…

Si, por cualquier circunstancia, necesitáramos un uso prolongado de nuestra base de datos, como por ejemplo, realizando un cambio programado de passwords (practica de seguridad recomendada) y actualizarlo en nuestra base, esta opción causaría más problemas que beneficios…

Además, se da la tesitura de un pequeño inconveniente. Si nuestra tarjeta se desmontase accidentalmente durante su uso en esta sesión, con esa opción seleccionada, la contraseña no será válida porque nos solicitará el denominado “passphrase”…

Esto viene a ser como el PUK de nuestro teléfono móvil, cuando el PIN ha sido introducido de manera errónea.
Una situación engorrosa, que nadie deseamos…

Con esto quiero decir, que este cifrado viene motivado como protección ante un robo físico de nuestro equipo y su tarjeta, pero exclusivamente, no le damos más servicio…
La manera más practica de trabajar con este método es, que una vez introducida y descifrada nuestra tarjeta, sigamos en este estado durante nuestro trabajo en esta sesión en concreto.

No hay de que preocuparse, de momento solo estamos trabajando el acceso al dispositivo, ni siquiera tenemos nuestra base de datos dentro.
Nos quedan dos capas de accesibilidad para llevar a cabo nuestra idea, y la siguiente hará que el esfuerzo que hayan realizado para acceder a la tarjeta no sea fructífero, en el sentido de conseguir información…

Independientemente, la tarjeta se puede desmontar y retirar físicamente si no se está utilizando.
Sencillamente, no solicitará contraseña hasta que no volvamos a iniciar una nueva sesión.

De momento, nuestra tarjeta está montada y descifrada dentro del sistema:

Escritorio 1_013

Pero no hemos terminado con nuestra tarjeta. Ahora preparamos nuestra segunda capa de accesibilidad…

NO LO VEO…

En este momento, tenemos nuestra tarjeta accesible y descifrada, pero si no añadimos más rizo a nuestro laberinto, cualquier persona que rompiera su contraseña de acceso vería directamente su contenido.
Una opción sería crear una carpeta oculta dentro del dispositivo. En Ubuntu esto se puede realizar añadiendo un punto delante del nombre de cualquier carpeta.
Veamos un ejemplo:

Apretando botón derecho del ratón y seleccionando Crear carpeta en el menú contextual de Nautilus se puede iniciar esta operación:

Menú_014

Como en cualquier sistema operativo, nos piden que nombremos e identifiquemos la carpeta.

BBDD - - Navegador de archivos_015

Si añadimos un punto delante de dicho nombre, la carpeta será oculta una vez aceptemos.

BBDD - - Navegador de archivos_016

Desde luego, por defecto, la carpeta no es visible.

BBDD - - Navegador de archivos_017

Pero no es una opción ha tener en cuenta, la facilidad de acceso es muy grande. Con la combinación de teclas Ctrl + H o en la ruta Ver -> Mostrar archivos ocultos en el menú de Nautilus, la carpeta se hace visible para cualquiera.

Menú_018

BBDD - - Navegador de archivos_019

Pero… el concepto de un directorio presente y no visible es muy interesante. ¿Tenemos alguna manera para utilizarlo??

Por supuesto, vamos a utilizar EncFS (Encripted FileSystem).
Y además para nuestra comodidad, existe un applet de panel denominado Cryptkeeper en nuestros repositorios para poder gestionar este sistema de manera gráfica.

Una vez instalado, se encuentra en la ruta Herramientas del sistema -> Cryptkeeper:

Menú_020

Cuando lo iniciamos, nos aparece un icono con forma de llaves en nuestro panel superior:

Escritorio 1_021

Pulsamos sobre dicho icono para visualizar las opciones que nos ofrece:

Menú_022

Como podemos observar, nos deja importar o crear carpetas cifradas. Vamos a seleccionar New encrypted folder para comenzar la creación de una.
Nos aparece el siguiente cuadro de dialogo, donde podemos seleccionar donde:

Create a new encrypted directory_023

Añadimos el nombre que nos parezca más conveniente y nos dirigimos a nuestra tarjeta o dispositivo, que lleva tiempo esperándonos:

Create a new encrypted directory_024

Pulsando sobre el botón Fordward del cuadro de dialogo, el proceso continua y nos solicita la segunda contraseña que debemos recordar de todo este proceso:

Create a new encrypted directory_025

Introducimos la que nos parezca más conveniente y continuamos con el proceso.
Nos confirma el éxito del mismo con la siguiente ventana:

Create a new encrypted directory_026

Y directamente Nautilus nos muestra este directorio recién creado, como si de uno normal se tratara.

CryptBBDD - Navegador de archivos_027

¿Normal?
Bueno, en realidad, no tan normal…
Veamos unos pequeños detalles:

CryptBBDD - Navegador de archivos_028

Menú_029

Como apreciamos en las capturas de pantalla, vemos que Nautilus gestiona este directorio como un medio extraíble mientras Cryptkeeper lo permita.

Pero… ¿y si le decimos a Cryptkeeper que no lo gestione??
Probemos…

Menú_030

BBDD - - Navegador de archivos_031

¡Desapareció!! … ¿Quizás esté oculta?

BBDD - - Navegador de archivos_032

Esta carpeta oculta se parece, pero no es exactamente la carpeta creada. Veamos que contiene:

.CryptBBDD_encfs - Navegador de archivos_033

Un archivo XML…

¿Que significa todo esto?
En realidad es simple…

Cuando creamos un directorio con EncFS estamos poniendo a trabajar dos rutas.
Una ruta es el directorio origen con nuestros archivos encriptados y otra es el directorio de montaje, que nos muestra una copia descifrada de cada uno de los archivos encriptados en la ruta de origen.

Esto significa que Cryptkeeper es nuestra Piedra de Roseta para la carpeta cifrada real.
Nosotros no accedemos directamente a la carpeta cifrada, sino que lo realizamos a través de un punto de montaje que hemos definido dentro de nuestra tarjeta MMC o dispositivo.

Una analogía sería los mensajes dejados en un espejo con vaho…
El mensaje está escrito en el espejo, pero si no aplicamos vaho nunca será visible.

Un contra es que este archivo XML si ofrece información de los metadatos. El atacante puede descubrir cuantos archivos están cifrados, su longitud y otras informaciones. Por eso era importante restringir el acceso a nuestra tarjeta cifrándola…

Para visualizar estos archivos, volvemos a montar la carpeta de visualización con Cryptkeeper:

 Menú_034

Entonces, nos pedirá el password para descifrar la ruta de origen, donde realmente están los archivos:

cryptkeeper_035

Cuando aceptemos dicha contraseña, Cryptkeeper automontará el directorio de visualización que utilizaremos.

CryptBBDD - Navegador de archivos_036

Escritorio 1_037

Todo trabajo que realizamos en esta ruta, tendrá su copia cifrada en la carpeta origen que permanecerá cuando cerremos la sesión o el equipo.

Pero cualquier archivo en este directorio de montaje es temporal y, aunque la sensación es de permanencia, porque nos muestra la copia cifrada cuando está montado, en realidad todo se borra una vez finaliza su actividad.

Esto se puede cambiar, y nos interesa cambiarlo, dado que el fichero generado por nuestro gestor de contraseñas personal no permanecerá, si este cambio no está activado.

Realizamos click derecho sobre el applet del panel Cryptkeeper y nos dirigimos a Preferencias:

Menú_062

Una vez dentro de las preferencias de Cryptkeeper, seleccionamos Do not delete mount point when unmounting (No borrar punto de montaje cuando se desmonta):

Cryptkeeper Preferences_063

Esto permitirá que los ficheros permanezcan en el caso de desmontar nuestro directorio de visualización.

¿Que sucede cuando intentamos montar un directorio de visualización si no está disponible el directorio origen?
Claramente, que no es posible. La capa de accesibilidad física está presente. Esto es lo que ocurriría si gestionamos Cryptkeeper sin tener la tarjeta MMC conectada.

Ventana sin título_087

De todos modos, pongamos el caso de que el atacante consiga romper todas estas capas.
Bien merece tener acceso a nuestra base de datos, así que se lo vamos a conceder…

No, no me he rendido, sencillamente he recordado ese dicho que reza:

“Si queréis tener algo bien escondido, dejadlo a plena vista”

Sigamos con nuestra base de datos y más adelante explicaré el porqué de esta afirmación.

Como hemos decidido con anterioridad, nuestro gestor de contraseñas personales será Revelation.
Este programa se encuentra en la ruta Accesorios -> Revelation:

Menú_038

Una vez lo iniciemos, presenta la siguiente interfaz:

[New file] - Revelation_039

Y es, desde este punto, cuando realmente comenzamos a crear nuestra base de datos para nuestros usuarios y contraseñas personales.
Desde su barra de herramientas, nos ofrece la posibilidad de crear directorios para nuestra propia organización:

[New file] - Revelation_040

Add Folder_041

Add Folder_042

Add Folder_043

[New file] - Revelation_044

Y, por supuesto, añadir entradas que contendrán la información de las cuentas propiamente dichas:

[New file] - Revelation_045

Revelation nos permite categorizar estas entradas entre distintas opciones:

Revelation

Edit Entry_046

Edit Entry_047

Según añadamos entradas categorizadas según nuestro gusto, la apariencia del programa irá quedando mas o menos así:

[New file] - Revelation_048

Desde el propio programa, nos irá mostrando la información de dichas entradas:

[New file] - Revelation_049

Si queremos que nos muestre nuestra contraseña, lo podemos realizar desde la ruta View -> Show passwords o con la combinación de teclas Ctrl + P teniendo la entrada seleccionada:

Menú_050

[New file] - Revelation_051

Y cuando tengamos la base de datos completa, sólo nos restará guardarla desde el siguiente botón de la barra de herramientas:

[New file] - Revelation_052

Asignamos un nombre para la base de datos y un directorio.
El archivo generado está, no podría ser de otra manera, cifrado a su vez, y nos solicita la tercera contraseña y última para recordar.

Ventana sin título_053

En la parte inferior nos confirma este hecho:

Passwords - Revelation_054

Se nos genera el archivo, fruto de nuestras cavilaciones, esto es la propia base de datos que tanto debemos proteger:

Escritorio 1_055

Cerramos Revelation y movemos nuestro archivo detrás de la fortaleza que le hemos diseñado.
Esto es, en la carpeta oculta sobre la tarjeta cifrada.

CryptBBDD - Navegador de archivos_056

En estos momentos, nuestra base de datos se encuentra segura sobre una carpeta EncFS, visible a nuestra elección, sobre un dispositivo cifrado.

BBDD - - Navegador de archivos_057

¿Está ahora mismo asegurada ante intrusos???

PARA NADA!!!
Voy a borrar esta base que hemos creado por un motivo muy razonable…

NO LO CONOZCO…

Este motivo es sencillo…

Durante el proceso de creación de las cuentas de usuario con sus contraseñas, siguiendo los ejemplos anteriores, no solo quedaría en nuestra carpeta EncFS dentro de nuestra tarjeta…
Existiría una copia de seguridad en otro sitio TOTALMENTE VULNERABLE, nuestra mente.

Hemos elegido las contraseñas, y una de las mejores armas que tiene cualquier intruso es la ingeniería social…
Con la cantidad de redes sociales y sistemas de comunicación estamos totalmente expuestos a esta técnica, que consiste en exponer nuestras contraseñas mediante conversaciones inocuas.
Si nosotros somos quienes elegimos nuestros passwords, subconscientemente elegiremos elementos mnemotécnicos que nos ayudarán a recordarlos.

Nombres de familiares, ciudades de origen, combinaciones de costumbre…

Para una persona bien preparada, resulta fácil realizar un interrogatorio sobre estas cuestiones con apariencia de conversación amistosa…

Ante esto no haría falta ninguna base de datos digital, sencillamente le estamos ofreciendo en bandeja, al atacante, toda nuestra información sin que el tenga que buscar nada…
No estoy diciendo que nosotros seamos tontos, estoy diciendo que la gente que utiliza esta manera de ataque es muy eficiente y no podemos ponérselo fácil.

Decididamente, no vamos a elegir nuestras contraseñas.
Que lo haga Revelation por nosotros:

Cuando añadimos la información de una entrada en Revelation podemos apreciar el siguiente detalle:

Add Entry_058

El programa tiene la opción predeterminada de chequear la fortaleza de nuestros passwords. En el ejemplo anterior, el resultado es bastante débil.
Si lo mejoramos, este icono cambiará:

Add Entry_059

Solamente intercalando números, letras y símbolos de puntuación, la contraseña se vuelve mucho más dura ante ataques de fuerza bruta.
Este tipo de ataque es del que nos hemos ido protegiendo hasta ahora, hasta que ha salido a relucir la ingeniería social…

Consiste en un ataque con diccionario, donde el equipo atacante realiza todas la comprobaciones en orden alfabético para ir descifrando la contraseña.

Por eso se denominan de fuerza bruta…

Y aquí un consejo:

En todo este proceso, hemos de recordar tres contraseñas:

  • Cifrado de dispositivo
  • Carpeta EncFS
  • Cifrado de la base de datos

Dado que no podemos evitar tener en nuestra mente estos tres passwords, elijamos bien su fortaleza.

Mayúsculas, minúsculas, números y símbolos de puntuación entremezclados harán que el equipo que intente un ataque por fuerza bruta, tenga que sufrir mucho en el proceso.
Bien elegidas, algunos equipos pueden tardar barbaridades de años en poder romper estas claves, en teoría.

Un buen ejemplo sería:

  • d1Sp0siT1vo!: dispositivo
  • C4rp3T43ncFS@: carpeta encfs
  • r3V3l4t10n#: revelation

Sustituyendo las vocales por números grafológicamente parecidos, mezclando minúsculas y mayúsculas y añadiendo símbolos de puntuación, la fortaleza de la contraseña se eleva exponencialmente.

Además si nos sacaran, a través de ingeniería social, estas tres contraseñas, entraría en vigor la capa de accesibilidad física.
Si no tienen el equipo, el software utilizado y la tarjeta de poco les valdrán estas.

El problema con la ingeniería social reside sobre todo en nuestras identidades on-line, que son accesibles desde cualquier parte.

Ni que decir tiene, que la práctica habitual de guardar estas contraseñas en el navegador web es de alto riesgo. Totalmente desaconsejable…

En GNU/Linux sería tan fácil, por ejemplo, recoger las contraseñas guardadas de Firefox, como acceder a la carpeta .Mozilla.

En esa carpeta se encuentra el historial de navegación y las contraseñas guardadas por el usuario.

Por eso, el resto de passwords no tenemos porque conocerlos, así que cuando estemos generando una contraseña, haremos uso de la siguiente opción Generate dentro de Revelation:

Add Entry_060

Esto resultará en una contraseña autogenerada por Revelation que no tendrá ningún sentido para nosotros, ni para nadie…
Sencillamente no pueden sonsacarnos nuestros passwords porque, siendo literales, no son ni nuestros

Seguramente, ahora mismo, un pensamiento estará dando vueltas en vuestra mente:

¿Esto no es peligroso?. Como pierda esa base de datos, yo tampoco tendré acceso a MIS cuentas…

Ciertamente, hay que tener claro dos conceptos:

  • En informática no existe la seguridad absoluta
  • Cuanto la seguridad entra por la puerta, la comodidad sale por la ventana

Lleváis razón, este proceso hace que seamos muy dependientes de esta base de datos, pero es justamente ahí donde reside la fuerza del mismo.

Además todavía no hemos acabado, esperemos hasta el final sin pensamientos pesimistas…

De momento, construimos nuestra base de datos, generando y jerarquizando a nuestro gusto las distintas cuentas con passwords aleatorios.
Una vez hayamos acabado, guardamos nuestra base de datos en la carpeta EncFS dentro de nuestra tarjeta cifrada.

Ventana sin título_064

Decidimos la última contraseña, que cifra la base de datos y guardamos, cerrando posteriormente Revelation.

Pero todavía NO desmontamos la carpeta EncFS ni nuestra tarjeta cifrada.
Vamos a realizar un paso más, que elevará nuestra seguridad a otro nivel…

NO LO ENTIENDO…

Volvemos a abrir Revelation.

[New file] - Revelation_065

Generamos una base de datos sin ningún tipo de dato en su interior.

Es decir, que sin añadir ninguna entrada, guardamos la base de datos vacía al lado de la nuestra…

Preferiblemente, esta vez SI elegimos un nombre muy identificativo…

Select File to Save to_066

Y además, ciframos esta base de datos vacía con una contraseña nivel infernal.

Yo he generado una con el propio programa, configurándolo desde Preferencias para que sea de 20 dígitos.

Add Entry_067

Copiamos y pegamos en el proceso de guardado de la base de datos vacía:

Ventana sin título_068

En estos momentos, nuestra carpeta EncFS contiene los siguientes elementos:

CryptBBDD - Navegador de archivos_069

Añadimos otro elemento:

CryptBBDD - Navegador de archivos_070

¿Provocador, verdad??
Pues cuanto más provocador, mejor…
A estas alturas seguro que os estáis empezando a oler el pastel…

Esta vez os quiero mostrar un concepto interesante en cuestión de seguridad: Esteganografía.

La criptografía se encarga de ocultar el mensaje, pero la esteganografía va un poco más lejos y oculta incluso el recipiente…
Pero mejor explicación que realizar un proceso esteganográfico no hay…

Desde SilentEye nos podemos descargar e instalar este útil programa.
Una vez instalado, nos lo encontramos en la ruta Accesorios -> SilentEye:

Menú_071

Lo ejecutamos y se presenta de la siguiente manera:

SilentEye_072

Tal y como nos indica, arrastramos y soltamos nuestra imagen dentro de él:

Escritorio 1_073

SilentEye_074

Pulsamos en la opción inferior derecha Encode:

SilentEye_075

Nos aparece la siguiente ventana:

Encode message : -media-BBDD --CryptBBDD-Rompeme si puedes!!.png_076

Seleccionamos el archivo a codificar, desde el siguiente botón:

Encode message : -media-BBDD --CryptBBDD-Rompeme si puedes!!.png_077

Escogemos la siguiente ruta y archivo:

SilentEye

Quedando de la siguiente manera:

Encode message : -media-BBDD --CryptBBDD-Rompeme si puedes!!.png_078

Una vez pulsemos Encode, SilentEye codificará nuestra base de datos dentro de una imagen BMP.

SilentEye_079

La cogemos del directorio donde la hemos generado y la movemos a la carpeta EncFS en nuestra tarjeta.

seguidodoblado - Navegador de archivos_080

CryptBBDD - Navegador de archivos_081

Solo nos resta deshacernos de la imagen original y la base de datos a plena vista. Y esto será lo que aparezca si alguien consiguiera llegar tan lejos:

CryptBBDD - Navegador de archivos_082

Ahora la jugada está clara:

“Si queréis tener algo bien escondido, dejadlo a plena vista”

Toda la artillería del enemigo irá dirigida hacía un cebo reforzado, mientras que nuestra verdadera información hace la función de provocar su ego a vista de todos…
Ventaja añadida, esta imagen es un perfecto backup que podéis guardar donde deseemos.

Ya no está todo en una sola carta…

Para recuperar nuestra base de datos, sencillamente tendríamos que realizar el proceso contrario con SilentEye en su opción Decode:

SilentEye_083

Decode message: -home-seguidodoblado--Rompeme si puedes!!.bmp_084

Una vez lleguemos a este punto, continuamos de la siguiente manera:

Decode message: -home-seguidodoblado--Rompeme si puedes!!.bmp_085

SilentEye2

Y volvemos a tener disponible nuestra base de datos “real” para poder abrirla con Revelation:

CryptBBDD - Navegador de archivos_086

La decisión de usar Revelation está motivada porque nos proporciona un applet de panel muy útil:

Escritorio 1_001

Si accedemos a las preferencias de este applet con el botón derecho del ratón, podemos realizar interesantes configuraciones, como por ejemplo, seleccionar un archivo a cargar de manera predeterminada:

Menú_002

Preferences_003

Select File to Use_004

Preferences_005

Esto nos permite un acceso rápido desde el panel, sin tener que iniciar Revelation:

Ventana sin título_006

Applet

De esta manera, 16 MB de tarjeta MMC nos pueden ofrecer mucho servicio.
Solo necesitamos un poco de magia con el típico truco de:

Ahora me ves, ahora no me ves…

Espero que os haya gustado.

Digital Swiss Army Knife

Hacía mediados de los años 90, cuando nuestro querido Linus Torvalds, acababa relativamente de lanzar al mundo el núcleo GNU/Linux, alguien tuvo la feliz idea de aprovechar la ligereza de este kernel para desarrollar un interesante concepto.

Se trataba de LiveCD, a grandes rasgos, un sistema operativo funcional desde un medio extraíble, que se cargaba íntegramente desde este medio a la memoria RAM, utilizando parte de ésta como disco virtual y sin ninguna necesidad de instalación o uso del disco duro.

Este concepto traía consigo funcionalidades realmente increíbles, como, por ejemplo, la posibilidad de probar sistemas distintos de manera inmediata y limpia. O realizar trabajos de mantenimiento en el disco rígido que eran bastante complicados.
Imaginemos que deseamos sacar los datos de un disco defectuoso. Como el sistema operativo está integrado dentro de este disco, para que el equipo nos dejará interactuar con él, no teníamos otro remedio que hacerle funcionar con el riesgo de causar más daños en su proceso de rotación. La clásica situación de “pez que se muerde la cola”. Necesitamos sacar estos datos, pero el hecho de hacerlo causará problemas en ellos.

La creación del sistema LiveCD posibilitó que el factor del disco duro quedará fuera de la ecuación. Esto hizo que nuestro Principio de Incertidumbre de Heisenberg digital quedará solucionado.

A lo largo de los años, distintas empresas y comunidades han afinado aún más este concepto, con el diseño de sistemas LiveCD orientados a una especialidad concreta. Análisis forense, auditoría de seguridad, sistemas de backup o uso anónimo del equipo son algunos ejemplos.

¿Perfecto, no?. Si, casi, pero mejorable.
Esto debió pensar un desarrollador francés, al darse cuenta de la limitación existente. Un solo sistema por cada medio extraíble.
Y como siempre sucede la formula {DESARROLLADOR + LIMITACIÓN = RETO} dio sus frutos.

MultiSystem es una aplicación para sistemas GNU/Linux cuya principal funcionalidad es la creación de medios extraíbles (pendrive USB, para ser exactos) con MÁS de un sistema operativo LiveCD funcional en su interior.

Su instalación y uso son extremadamente sencillos y nos posibilita la creación de auténticas navajas suizas digitales.
Comencemos.

COMPONENTES

Para la realización de este post he utilizado el siguiente equipo:

  • Acer Aspire One D250.

2013-07-12 10.59.07

Con un sistema operativo Ubuntu 10.04.4 Lucid Lynx LTS instalado.

  • USB SanDisk Cruzer Blade 32 GB.

2013-07-12 11.00.32

Como resulta lógico, a mayor capacidad del medio extraíble, mayor número de sistemas LiveCD podremos ubicar en su interior. En este caso, he escogido un pendrive de alta capacidad para que las funcionalidades abarquen el mayor rango posible.

Las condiciones que nos marca MultiSystem es que únicamente funciona en sistemas GNU/Linux y que el formato de archivos del medio sea FAT32.
Procedemos al siguiente paso.

PREPARACIÓN

Para la preparación del medio USB vamos a utilizar gnome-disk-utility, un software para la gestión y administración de medios de almacenamiento disponible en la mayoría de repositorios de las principales distribuciones. Para su instalación seguir los pasos de este anterior post.
Existen otras alternativas de gestión de dispositivos de almacenamiento, como por ejemplo, GParted. Mientras nos brinden la posibilidad de formatear el sistema de ficheros en nuestro medio extraíble, son perfectamente válidos.

Una vez hayamos introducido el pendrive en nuestro equipo, éste último se encargará de montarlo en nuestro sistema de ficheros.
Aunque dependiendo del entorno de escritorio que tengamos nuestro navegador de archivos será uno u otro, todos funcionan de manera similar.

Estos son los exploradores predeterminados, pero existen otras alternativas, como Konqueror o Marlin, pero todos funcionan de manera muy similar y el proceso explicado en este post resultará muy parecido en ellos.
Adelanto que, dependiendo del explorador donde estemos trabajando, el proceso de introducción de sistemas LiveCD variará ligeramente. Lo veremos posteriormente.

Como hemos dicho, el navegador de archivos se encargará de montar nuestro pendrive una vez lo hayamos introducido.

Escritorio 1_001

Iniciamos Utilidad de discos para la preparación de nuestro medio. Desde la ruta Sistema -> Administración -> Utilidad de discos.

Menú_002

Una vez se haya iniciado, Utilidad de discos se nos presentará de la siguiente manera.

Utilidad de discos_003

En el menú izquierdo de la aplicación podemos seleccionar los medios sobre los que deseamos actuar, optamos por nuestro medio extraíble.
POR FAVOR!! Tened mucho cuidado con seleccionar bien, todo cambio que realicemos sobre sobre el disco duro donde está instalado nuestro sistema puede repercutir negativamente e incluso inutilizarlo. Además de posibles perdidas de archivos…
El tamaño del almacenamiento nos ayudará a no confundir el medio a procesar. También existe la estandarización de la ruta de anclaje en sistemas GNU/Linux. Normalmente el disco duro estará situado en /dev/sda y cualquier dispositivo extraíble en la ruta /dev/sdb. Suelen ser las rutas habituales.

SanDisk Cruzer Blade (SanDisk Cruzer Blade) [-dev-sdb]: utilidad de discos_004

En la parte derecha de la aplicación nos presenta toda la información y características sobre el medio elegido, además de la posibilidad de realizar ciertas operaciones sobre él.
Pasamos a desmontar el medio extraíble de nuestro sistema de ficheros, puesto que este anclaje bloquea la libertad de total acción. Realizamos click sobre la opción Desmontar volumen.

SanDisk Cruzer Blade (SanDisk Cruzer Blade) [-dev-sdb]: utilidad de discos_005

Al desmontar el volumen, la aplicación se hace consciente de su nuevo estado y varia la opción disponible.

SanDisk Cruzer Blade (SanDisk Cruzer Blade) [-dev-sdb]: utilidad de discos_006

Una vez hemos comprobado que nuestro pendrive no se encuentra montado en nuestro sistema de ficheros, nos interesa la opción de su formato de archivos para cumplir con la condición impuesta por MultiSystem.
Realizamos click sobre la opción Formatear volumen.

SanDisk Cruzer Blade (SanDisk Cruzer Blade) [-dev-sdb]: utilidad de discos_007

Nos presentará la siguiente ventana para poder seleccionar las opciones de formato.

 Formatear Partición 1 de SanDisk Cruzer Blade_008

Seleccionamos el formato FAT que nos impone MultiSystem y le añadimos una etiqueta identificativa (opcional).

Formatear Partición 1 de SanDisk Cruzer Blade_009

Pulsamos en Formato y nos pedirá confirmación para la operación.

Ventana sin título_010

Aceptamos, y después de unos instantes nos marcará la verificación de los cambios realizados en la parte central de información del medio. Volvemos a montar la unidad sobre nuestro sistema de ficheros.

SanDisk Cruzer Blade (SanDisk Cruzer Blade) [-dev-sdb]: utilidad de discos_011

Ahora tenemos preparado nuestro dispositivo para que MultiSystem lo gestione sin ningún problema.

Escritorio 1_012

Pasamos pues a la instalación del programa que nos ocupa.

INSTALACIÓN

Desde su web oficial MultiSystem, nos ofrece la posibilidad de su descarga.

Su página principal presenta el siguiente aspecto.

LiveUSB MultiBoot - Mozilla Firefox_013

Desplazándonos más abajo y en el menú presente en la parte derecha, nos encontramos con el siguiente enlace (Installation) hacía donde nos dirigiremos.

LiveUSB MultiBoot - Mozilla Firefox_014

En la siguiente página, nos presentan varias alternativas de instalación, aunque para sistemas Debian/Ubuntu, nos recomiendan el primero, donde directamente nos presentan el siguiente enlace de descarga para el script de instalación.

Installation - LiveUSB MultiBoot - Mozilla Firefox_015

Realizamos la descarga del script.

Abriendo install-depot-multisystem.sh.tar.bz2_016

Una vez finalice la descarga, podemos cerrar nuestro navegador web y dirigirnos a la carpeta donde hayamos descargado el script.

Descargas - Navegador de archivos_017

Realizamos click derecho sobre él y seleccionamos la opción Extraer aquí del menú contextual.

Menú_018

Una vez finalice la descompresión del fichero, aparecerá el script de instalación en nuestra carpeta.

Descargas - Navegador de archivos_019

Vamos a asegurarnos que posee permisos de instalación para que el proceso se complete de manera satisfactoria.
Realizamos click derecho sobre el script y nos dirigimos a la opción Propiedades del menú contextual.

Menú_020

Se nos desplegará la ventana de Propiedades del fichero, donde nos dirigiremos a la pestaña Permisos y nos aseguraremos que tiene permisos de ejecución como programa.

Propiedades de install-depot-multisystem.sh_021

Cerramos la ventana de Propiedades y ejecutamos el script, confirmando en la siguiente ventana en la opción Ejecutar.

Ventana sin título_022

En un primer momento, MultiSystem nos advierte que para continuar nos pedirá contraseña de administrador.

Información_023

Que es exactamente lo que realiza según se abra su ventana de instalación.

install-depot-multisystem.sh_024

Ponemos nuestra contraseña de administrador y dejamos que continúe el proceso.
El primer paso que realiza es la descarga de su propio repositorio, para futuras actualizaciones de la aplicación.

install-depot-multisystem.sh_025

Posteriormente y de manera automática, descargará los paquetes necesarios para su funcionamiento, junto con las dependencias y empezará la instalación de dichos paquetes.

install-depot-multisystem.sh_026

Después de finalizar el proceso de instalación, el script nos informa de la ruta donde encontraremos la aplicación. Accesorios -> MultiSystem.

Información_027

Lo comprobamos.

Menú_028

MultiSystem se encuentra correctamente instalado en nuestro sistema. Por lo que procedemos a visualizar sus posibilidades.

Nota: En sistemas Kubuntu (KDE) y Lubuntu (LXDE) hemos de instalar además los siguientes paquetes dependientes.

    Dependencias en Kubuntu:

  • Permitir desde kpackagekit el repositorio universe.
  • Instalar zenity, xterm y gksu antes de ejecutar el script.
    Dependencias en Lubuntu:

  • Instalar zenity y xterm

MULTISYSTEM

Cuando iniciamos el programa, se presenta su ventana principal de la siguiente manera.

MultiSystem_029

Realicemos una inspección a sus distintas opciones.
En la parte superior izquierda vemos un acceso para la búsqueda de actualizaciones, donde podemos comprobar que contamos con la última versión del programa.

MultiSystem_030

Al realizar click sobre él, realiza un apt-get update sobre el paquete y comprueba la versión disponible.

apt-get update_031

Ponemos nuestra contraseña de administrador e inicia la búsqueda.

apt-get update_032

Como acabamos de instalar el script directamente desde la página oficial, nos indica que estamos completamente actualizados.

MultiSystem_Information_033

En la parte superior derecha, nos encontramos con ciertas opciones estéticas como el color predominante del tema visual y el idioma utilizado por el programa.

MultiSystem_034

El acceso Quitar nos da la posibilidad de desinstalar el software MultiSystem de nuestro equipo.

MultiSystem_035

En la parte central de la ventana nos advierte que, para el correcto funcionamiento como sistema LiveCD, el programa realiza la instalación de GRUB2 en el sector de arranque del dispositivo.
Este pequeño programa es el que realmente nos adhiere a la característica de multisistema en nuestro USB.
Básicamente, es el primer programa en ejecutarse una vez nuestro equipo detecte un arranque desde el dispositivo extraíble y buscará los distintos sistemas operativos para darnos la opción de inicio sobre cada uno de ellos.
La advertencia viene sobre la posible perdida de datos, en el caso de que nuestro dispositivo tenga archivos contenidos en él. Si esto fuera así, realizar un backup de los mismos en otro medio y asunto solucionado.

MultiSystem_036

En la parte central inferior, el aplicativo reconoce todos los medios que tengamos montados en nuestro sistema de ficheros para darnos la posibilidad de elegir sobre cual actuar.
Si tuviéramos más de un USB montado, en esta zona podríamos elegir en cual montaremos nuestro sistema MultiSystem.

MultiSystem_037

Una vez nos hayamos cerciorado que todos los factores son correctos, es decir, que no tenemos datos susceptibles de perdida y que nuestro dispositivo seleccionado es el correcto, realizamos la instalación del software sobre él.
Por precaución, nos pedirá confirmación.

gtkdialog_038

El programa realizará la instalación de GRUB2 y nos presentará la ventana propia de construcción para los distintos sistemas operativos que queramos añadir.

MultiSystem_039

Existen dos limitaciones que se basan en lo siguiente:

    Limitaciones de MultiSystem

  • Espacio disponible en el medio:

Como he comentado anteriormente, a mayor capacidad del medio, mayor cantidad de sistemas operativos podremos introducir.

  • Sistemas no soportados:

MultiSystem exige funcionar en sistemas GNU/Linux, pero eso no significa que los sistemas operativos tengan que cumplir esta condición. Tiene soporte para sistemas LiveCD basados en otras características como WINDOWS o BSD.
Pero no acepta todos los sistemas LiveCD que existen en la red. Aun así, acepta una ingente cantidad y las posibilidades son impresionantes.

La lista total de sistemas que soporta la podréis encontrar en el siguiente enlace:

Sistemas soportados

A simple vista se puede apreciar que supera el centenar con creces, así que está limitado, si… pero en mi opinión y si me permitís el juego de palabras, esta limitación es muy “limitada”…
Además el desarrollo de soporte hacía nuevos sistemas crece con cada actualización, por lo que se reduce con el tiempo.
Independientemente, para mayor seguridad, el propio programa nos guiará en los sistemas que soporta como veremos más adelante en este post…
Sigamos inspeccionando la aplicación.

Como podemos observar la aplicación divide sus distintas funcionalidades en pestañas.

MultiSystem_040

La primera pestaña, denominada MS, es la ventana de construcción donde podremos añadir distintos sistemas operativos en nuestro dispositivo extraíble.

MultiSystem_041

La segunda pestaña, denominada Menus nos proporciona diversas opciones, orientadas sobre todo en el propio menú de arranque que posteriormente se visualizará cuando iniciemos el dispositivo multisistema.
Desglosemos estas opciones individualmente.

    Opciones de Menus
  • La primera opción que nos encontramos es Ajustes Grub.

MultiSystem_042

Al pulsar sobre esta opción, nos presentará la siguiente ventana de configuración, donde podremos cambiar el menú de arranque del sistema MultiSystem.

MultiSystem_PoPuP_043

Una vez hayamos cambiado esta configuración a nuestro gusto, pulsamos Cerrar y MultiSystem procederá a realizar los cambios de manera efectiva.

grub-install_044

  • La segunda opción que nos encontramos es actualizando el grub.

MultiSystem_045

Esta opción nos permite actualizar el gestor de arranque, si por alguna razón algún sistema añadido o eliminado no hubiera finalizado el proceso correctamente, podríamos actualizar el gestor que estabilizará el estado en el que se encuentran los sistemas que se encuentran en el interior del dispositivo.

MultiSystem_046

  • La tercera opción que nos encontramos es Actualizar burg.

Burg es una versión más gráfica de Grub. Esta opción tiene la misma funcionalidad que la anterior, pero considerando que hemos instalado Burg en lugar de Grub.

MultiSystem_047

  • La cuarta opción que nos encontramos es Backup/Restore.

Nos permite realizar una copia de seguridad o restaurar una copia realizada anteriormente del estado de nuestro dispositivo extraíble.

MultiSystem_048

Al pulsarlo, nos permite elegir el proceso a seguir con la siguiente ventana.

Backup-Restore_049

  • La quinta opción que nos encontramos es Añadir modo persistente.

El modo persistente en nuestro dispositivo MultiSystem añade una posibilidad muy interesante. Al ser un sistema LiveCD, que se carga completamente en nuestra memoria RAM, una vez reiniciemos el equipo todo cambio que hayamos realizado en nuestro sistema LiveCD se perderá.
Esto, dependiendo del uso que realicemos de nuestra navaja suiza digital, será una ventaja o un inconveniente.
El modo persistente nos permitirá configurar parte de nuestro medio extraíble como medio de almacenamiento “fijo” para los cambios realizados durante una sesión en concreto.
PERO!!! … sólo algunas distribuciones permiten el uso de modo persistente.
MultiSystem nos ofrecerá esa posibilidad cuando intentemos introducir un sistema LiveCD que lo permita.

MultiSystem_050

  • La sexta opción que nos encontramos es Cambiar el tamaño persistente.

Que nos permitirá aumentar o disminuir el tamaño en un sistema persistente creado con anterioridad.

MultiSystem_051

  • La séptima opción que nos encontramos es Descargar LiveCDs.

Y esta opción es muy interesante, porque nos enlaza a las páginas oficiales de todos los sistemas soportados por MultiSystem para poder construir nuestro dispositivo.

MultiSystem_052

Con cuadro de búsqueda y campos de categorías, aquí podremos encontrar sistemas útiles para construir navajas suizas digitales con impresionante funcionalidad…

MultiSystem_053

Cuando pulsemos sobre un sistema en concreto, nos saltará nuestro navegador web predeterminado, abriendo la página oficial de ese sistema para posibilitar su descarga.
Normalmente los sistemas tienen varios modos de descarga, entre los que predominan la descarga directa (HTTP o FTP) o la red BitTorrent (TORRENT).
Recomiendo siempre la descarga vía BitTorrent, por el simple hecho de poder ayudar a distribuir los sistemas GNU/Linux convirtiéndonos en fuentes.
Seguramente será de los pocos usos legales que demos a nuestro cliente torrent … :-)

  • La octava opción que nos encontramos es Internacionalización.

Desde donde podremos cambiar el idioma de todos los disponibles para la aplicación.

MultiSystem_054

MultiSystem_055

  • La novena opción que nos encontramos es Terminal.

Esta opción nos despliega una consola para poder administrar la aplicación bajo línea de comandos.

MultiSystem_056

MultiSystem_057

  • La décima opción que nos encontramos es Formatear su memoria USB.

Esta opción nos permite preparar el formato de archivos de nuestro pendrive a FAT32, tal y como hicimos anteriormente con gnome-disk-utility o Utilidad de discos.

MultiSystem_058

MultiSystem_059

Si no habéis realizado todavía la preparación del medio, en este punto es un buen momento para realizarlo.

  • La undécima opción que nos encontramos es Debogar. Una cuestionable traducción para Depurar.

Nos presenta distintas opciones avanzadas de depuración. Como usuarios medios, raramente acudiremos a ellas, pero son útiles si eres un desarrollador que colabora en el proyecto.

MultiSystem_060

MultiSystem_061

  • La duodécima opción que nos encontramos es instalar VirtualBox.

Esta opción nos permitirá instalar el gestor de máquinas virtuales Oracle para poder probar nuestro dispositivo.
Más adelante, cuando tengamos nuestro dispositivo finalizado, veremos como realizar esta prueba.

MultiSystem_062

  • La decimotercera opción que nos encontramos es Actualizar.

Esta opción nos permitirá realizar búsquedas de actualizaciones para MultiSystem y de ser así, hacerlas efectivas.

MultiSystem_063

  • La decimocuarta opción que nos encontramos es Quitar.

Esta opción nos permitirá desinstalar MultiSystem de nuestro sistema.

MultiSystem_064

La tercera pestaña, denominada Iniciar, nos proporciona diversas opciones para que podamos elegir desde que sistema (físico o virtual) se va a realizar la prueba de funcionamiento de nuestro dispositivo.

MultiSystem_065

La cuarta pestaña, denominada No-libre nos permite instalar software con licencia privada que añade funcionalidad a nuestro programa.

MultiSystem_066

Basicamente se trata de 3 extensiones para soporte de sistemas Live basados en Windows.

MultiSystem_067

Descargamos las extensiones y MultiSystem nos mostrará el progreso de descarga e instalación.

Descargando ..._068

Una vez haya finalizado la instalación de estas extensiones, el cuadro de información mostrará este hecho.

MultiSystem_069

La cuarta y última pestaña, denominada Sobre, nos proporciona información sobre la versión del software y colaboradores en su traducción.

MultiSystem_070

Una vez hemos finalizado de realizar la observación de las distintas opciones que nos posibilita la aplicación, pasamos a la construcción del medio una vez nos hayamos descargado los sistemas de nuestra elección.

CONSTRUCCIÓN

Volvemos a la pestaña MS, donde observamos básicamente cuatro partes importantes.

MultiSystem_071

Me gustaría llamaros la atención a dos zonas, que nos ayudarán mucho en este proceso.

La primera es la parte central, donde nos aparece información relacionada al espacio disponible en el medio y nos ayudará a ir eligiendo los sistemas, sobre todo al final, cuando el espacio disponible sea menor.

Selección_072

La segunda es la ventana donde añadimos los distintos sistemas LiveCD.

Selección_073

En la captura anterior he distinguido dos partes, que se corresponden a la manera de añadir sistemas dependiendo del explorador de archivos que estemos utilizando.
El sistema drag and drop (arrastrar y soltar) solamente es válido con Nautilus, el explorador de archivos predeterminado en el entorno de escritorio GNOME.
Nota: Según leo en la página oficial esta limitación solo se reduce a XFCE actualmente. El desarrollador ha implementado la característica drag & drop al resto de exploradores

Escritorio 1_074

El resto de escritorios, con sus exploradores predeterminados (XFCE -> Thunar, KDE -> Dolphin, LXDE -> PCMan FM), deben pulsar sobre el botón de adición situado dentro del recuadro.
Se abrirá una ventana de selección de archivos, donde podremos seleccionar el sistema a añadir.

Escritorio 1_075

Cuando seleccionamos o arrastramos una imagen ISO, comienza el proceso de construcción de ese sistema. El proceso es totalmente automático y solamente nos solicitará la contraseña de administrador para conferir permisos.

MultiSystem_076

MultiSystem_077

Cuando finaliza el proceso de instalación de ese sistema, la ventana principal de MultiSystem mostrará información sobre él y actualizará su información de espacio disponible.

MultiSystem_078

Procederemos a repetir la operación con cuantos sistemas elijamos, mientras tengamos espacio disponible en nuestro dispositivo.
La elección de los sistemas queda absolutamente a vuestras necesidades y gustos. La extrema facilidad para añadir o eliminar sistemas LiveCD hace que esta cuestión no sea en absoluto importante.

Si el sistema LiveCD permite la posibilidad de un modo persistente, MultiSystem nos ofrecerá elegir cuanto tamaño de nuestro medio extraíble deseamos reservar para ese cometido.

Por ejemplo:

  • Instalación de sistema Android-x86 Live.

Ajustar el valor de la escala_079

  • Instalación de Live Fedora.

Fedora_080

ELIMINACIÓN

¿Que sucede si ocurre algún problema durante la instalación de un sistema LiveCD?
En el momento de realizar este post, me estoy encontrando con problemas para la correcta instalación del sistema openSUSE 12.3 KDE.

MultiSystem_081

No hay problema, puesto que podemos eliminar cualquiera de nuestros sistemas instalados de la siguiente manera.
Una vez consigamos reiniciar nuestro programa MultiSystem después del problema, nos encontraremos con el sistema defectuoso reconocido por la aplicación.

MultiSystem_082

En la parte izquierda de la ventana principal nos encontramos con el siguiente icono que nos permite acceder a las opciones avanzadas de gestión.

MultiSystem_083

Una vez lo pulsemos la interfaz varía, dándonos acceso a una mayor cantidad de procesos.

MultiSystem_084

De los cuales, nos interesa la siguiente opción.

MultiSystem_085

Con el sistema a eliminar seleccionado, pulsamos sobre este botón. Presentando entonces una advertencia de confirmación.

Selección_086

Una vez confirmamos la ventana de información e introducimos nuestra contraseña de administrador para conceder permisos al programa, la desinstalación del sistema LiveCD se realizará de manera automática, junto con una actualización a GRUB para informarle de la eliminación de dicho sistema.

MultiSystem_087

Cuando nuestro programa reinicie, toda referencia al sistema eliminado no existirá.

MultiSystem_088

He hablado de la eliminación de un sistema por problemas, pero en realidad esto es válido para eliminar el sistema por cualquier motivo.
Para introducir otros o actualizar la versión del mismo, etc…

Puede darse también el caso de que intentemos introducir un sistema no soportado por MultiSystem. El propio programa nos informa de este suceso.

Error_089

Después de haber insertado todos los sistemas de nuestra elección, MultiSystem presentará un aspecto similar a este.

multisystem

En este momento, el dispositivo estaría preparado para su uso en cualquier equipo con la opción de arranque desde un medio extraíble activada.
Vamos a probarlo, pero lo realizaremos en una máquina virtual, gracias a VirtualBox.
MultiSystem nos ofrece la instalación del repositorio Oracle, para la descarga y actualización de este gestor de máquinas virtuales, pero yo prefiero instalarlo de manera local.

TEST

Desde la siguiente web podemos elegir el paquete .DEB perteneciente a nuestra distribución.
Una vez lo hayamos descargado, podremos instalarlo gracias a GDebi y nos encontraremos con el gestor en la ruta Herramientas del sistema -> Oracle VM VirtualBox

Menú_090

Se nos presentará el gestor de máquinas virtuales de la siguiente manera.

Oracle VM VirtualBox Administrador_091

Para empezar a realizar la prueba, nos falta un pequeño detalle.
Crear una máquina virtual nueva que apunte a una imagen ISO individual no requiere mayores instalaciones, pero en nuestro caso, deseamos que la máquina virtual apunte a un dispositivo extraíble.
Y eso requiere la instalación de una extensión en VirtualBox para proporcionarle esta funcionalidad.

Podemos encontrar esa extensión desde el siguiente enlace.
Se descargará en nuestra carpeta de descargas predeterminada.

Software - Navegador de archivos_092

Realizamos la instalación de esta extensión desde la ventana principal de VirtualBox. Nos dirigimos a la ruta Archivo -> Preferencias.

Oracle VM VirtualBox Administrador_093

Nos aparece la ventana de configuración para VirtualBox, donde nos dirigiremos a la categoría Extensiones y visualizaremos el icono para la instalación de añadidos.

VirtualBox - Configuración_094

Una vez pulsemos ese icono, desde un explorador, nos dejará seleccionar la extensión que deseamos instalar.

Seleccione un archivo de paquete de extensión_095

Nos pide confirmación.

VirtualBox - Pregunta_096

Se nos presenta la licencia que deberemos aceptar.

VirtualBox - Configuración_097

Al aceptar y proporcionar nuestra contraseña de administrador, comenzará la instalación del paquete.

Extensiones: Installing extension pack_098

Y cuando finalice, una ventana de información nos advertirá.

VirtualBox - Información_099

Desde la propia ventana de configuración de VirtualBox se puede comprobar la correcta instalación de la extensión.

VirtualBox - Configuración_100

Y para finalizar, tenemos que añadirnos como usuarios permitidos dentro del grupo vboxusers. Si no realizamos esta operación, VirtualBox no permite acceder a dispositivos extraíbles al crear una máquina virtual.

VirtualBox - Aviso_101

Para evitarlo, seguimos estos sencillos pasos.
Nos dirigimos a la ruta Sistema -> Administración -> Usuarios y grupos.

Menú_102

Se nos desplegará la siguiente ventana, donde nos interesa la opción Gestionar grupos.

Ajustes de los usuarios_103

Nos dirigimos al grupo vboxusers y nos cercioramos que nuestro usuario esté dentro de él.

vboxusers

Ahora tenemos que cerrar sesión y volver a entrar para que ese permiso se haga efectivo.

Una vez hayamos reiniciado la sesión, volvemos a iniciar MultiSystem y nos dirigimos a la pestaña Iniciar, donde encontraremos la opción Probar su liveUSB en VirtualBox.

MultiSystem_104

Cuando pulsemos ese botón, MultiSystem nos creará e iniciará una máquina virtual para poder testear nuestro dispositivo.

VBox_105

Selección_106

Como no hemos creado una carpeta compartida entre el sistema anfitrión y el sistema huésped, VirtualBox nos informará de este hecho.
No reviste mayor importancia, solamente queremos probar el funcionamiento de nuestro medio.

VirtualBox - Aviso_107

Lo que realmente me interesa es que visualicemos el menú que aparece en nuestra máquina virtual, puesto que es absolutamente el mismo que nos encontraremos al iniciar nuestro dispositivo en cualquier otro equipo.

multisystem [Corriendo] - Oracle VM VirtualBox_108

Cuando MultiSystem se inicia empieza bajo el gestor de arranque GRUB2, pero no todos los sistemas admiten este gestor de arranque.
Por ello, MultiSystem instala otros gestores que nos permitirán tener acceso a los distintos sistemas LiveCD. Estos se encuentran en la parte inferior del menú GRUB2, desplazándonos entre los sistemas LiveCD.

multisystem [Corriendo] - Oracle VM VirtualBox_109

Cuando pulsamos sobre uno de ellos, pongamos por ejemplo, Grub4Dos, el menú de arranque variará, permitiéndonos el acceso a otros sistemas.

multisystem [Corriendo] - Oracle VM VirtualBox_110

Ahora, con nuestro dispositivo comprobado y funcional, junto con la sencillez de transporte de un mero pendrive USB, podemos llevar con nosotros la potencia y funcionalidad de varios sistemas operativos que nos pueden sacar de algún apuro.
Además podemos llevar con nosotros un muestrario de sistemas GNU/Linux para la sagrada tarea de publicitar sus bondades entre nuestros amigos y compañeros, sin la necesidad de instalar nada.

Espero que os haya gustado, y aunque sea un post bastante extenso, creo que también es muy didáctico, lo cual era mi objetivo.

Un saludo a todos.

Como configurar Thunderbird en Xubuntu 12.04 Precise Pangolin LTS

El eterno debate entre si usar clientes para acceder a servicios o tener acceso a toda tu información directamente desde cualquier navegador web…
Desde luego, Google lo ha intensificado aún más con el excelente cliente webmail que aporta a sus usuarios.

La mayor parte de la gente a mi alrededor usa la interfaz web de Gmail para gestionar su correo electrónico diariamente.
Hasta mis padres, recientemente internautas, reflejan, que su mayor curiosidad, por las consultas que me realizan, son las posibilidades de Gmail en su interfaz web…

En mi opinión personal, y siempre teniendo en cuenta que sobre gustos no hay verdades, creo que pudiendo tenerlo todo, no encuentro razón para tener que elegir. O mejor dicho, porque no seleccionar la opción más ventajosa en un momento en concreto.
Mi propósito en este post es demostrar que gestionar estas interfaces es absolutamente lo mismo:

SC20130527-185948

SC20130527-190309

Captura de pantalla - 010613 - 14:30:15

jose.antonio.seguido@gmail.com - Mozilla Thunderbird_076

Y dependiendo del momento y lugar en que nos encontremos, sea independiente visualizar esta información de una manera u otra.

En este caso, el cliente Thunderbird viene preinstalado de serie en Xubuntu y nos centraremos en su configuración óptima para poder sincronizar todos nuestros datos.
Entiéndase por datos los siguientes:

Datos que podemos gestionar en Thunderbird

  • Correo electrónico
  • Contactos
  • Calendarios
  • Tareas
  • Chat
  • Canáles de noticias o RSS

Empezamos la configuración realizando los procesos que permite Thunderbird sin añadidos, tal y como viene de serie en Xubuntu, para posteriormente ir ampliando sus posibilidades.

CORREO

Podemos acceder al cliente de correo Thunderbird de dos maneras en Xubuntu 12.04 Precise Pangolin:

1.- A través de la ruta Internet -> Cliente de correo Thunderbird:

Menú_001

2.- A través del indicador de notificaciones del panel superior:

xfce4-panel_002

Menú_003

Desde ambas opciones, se presentará la siguiente pantalla:

Bienvenido a Thunderbird_004

Elegimos la opción resaltada Saltarse esto y usar mi cuenta de correo existente, posteriormente se presentará la siguiente pantalla donde introducimos los datos de nuestra cuenta Gmail:

Configuración de cuenta de correo_005

Thunderbird buscará dentro de la base de datos de Mozilla y colocará automáticamente la configuración de nuestra cuenta:

Configuración de cuenta de correo_006

En este punto es interesante realizar la siguiente observación:

  • El protocolo IMAP predefinido permite realizar una sincronización entre el servidor de correo, en este caso, un servidor de Gmail y nuestro cliente particular en el equipo. Esto significa que si tenemos más de un equipo con un cliente de correo apuntando a nuestra cuenta de correo, en todos aparecerán los mismos mails y las modificaciones se realizarán en el servidor de correo. No se descargan los correos electrónicos a nuestro equipo local, sencillamente es la ventana que muestra el estado del servidor de correo.
  • El protocolo POP3 descarga los correos desde el servidor hasta el equipo local para poder trabajar con ellos. Esto significa que si abrimos primero un equipo y luego otro, los distintos mails se repartirán entre ambos.

Antiguamente no era tan habitual contar con más de un equipo informático en casa, por lo que la sensación era que tu correo permanecía intacto y no se desperdigaba. Pero actualmente esto conllevaría a tener tus correos repartidos entre tus equipos, con el consecuente desorden que conlleva esta situación.
Además la conectividad es mucho mayor, por lo que siempre es más probable disponer de una conexión a internet que permita la sincronización con el servidor de correo.
Mi opción recomendada es y será siempre utilizar el protocolo IMAP.

Una vez realizada esta aclaración continuamos con la configuración de nuestra cuenta, pulsado el botón Hecho.
Thunderbird realizará la conexión con el servidor tal y como muestra la siguiente pantalla:

- Mozilla Thunderbird_007

Una vez haya terminado la sincronización, nos dispondrá nuestra cuenta de correo de la siguiente manera:

Bugs - Mozilla Thunderbird_008

¿Y exactamente conque coinciden estas carpetas? Pues con las etiquetas que hayamos generado en nuestra interfaz web:

%22Aficiones-Informática-Open Source-Linux-openSUSE-Bugs%22 (439) - jose.antonio.seguido@gmail.com - Gmail - Chromium_009

Si unimos esto a los filtros de orden por etiqueta que se pueden generar en Gmail, de una sola gestión se auto-ordenará nuestro cliente web y nuestro cliente de escritorio.
Si además nos interesa la vista de conversación que nos genera Gmail en su interfaz web, podemos recrearla con un simple paso para nuestro cliente Thunderbird.
En la carpeta que nos interese, nos dirigimos a la siguiente ruta en Thunderbird. Ver -> Ordenar por -> Anidado:

Menú_010

Esto gestionará la siguiente vista para nuestros correos electrónicos:

Bugs - Mozilla Thunderbird_011

Cuando leamos o gestionemos cualquier correo desde Thunderbird el cambio se hará efectivo en nuestra interfaz web la próxima ocasión que la visualicemos, por lo que la parte de gestión de correos queda concluida.
Esto es válido para el cliente Android que presentará las mismas etiquetas y sincronizará con los cambios efectuados en los anteriores clientes, completando así el triángulo.

SC20130604-214900

SC20130604-214923

CALENDARIOS

Empezamos a extender las funcionalidades de Thunderbird y para ello nos dirigimos a nuestro Gestor de paquetes Synaptic. Una vez abierto, introducimos el termino thunderbird en el recuadro de búsqueda y nos dirigimos en la lista de paquetes disponibles hacia el denominado xul-ext-lightning:

Gestor de paquetes Synaptic _012

Cuando lo marquemos para instalar, nos preguntará si aceptamos las siguientes dependencias:

    Paquetes de calendarios para Thunderbird

  • xul-ext-calendar-timezones: util para que la gente que se desplace entre husos horarios
  • xul-ext-gdata-provider: permite la sincronización con Calendarios Google

Ventana sin título_013

Aceptamos e instalamos.

Una vez hemos instalado estos paquetes, al acceder a nuestro cliente de correo Thunderbird, observamos estos dos nuevos accesos en su barra de herramientas:

jose.antonio.seguido@gmail.com - Mozilla Thunderbird_014

Según los seleccionemos, se abrirán dos nuevas pestañas que nos permitirán gestionar calendarios y tareas respectivamente:

Calendar - Mozilla Thunderbird_015

Tasks - Mozilla Thunderbird_016

Otra manera rápida de acceder a estas gestiones es a través del acceso inferior Today Panel:

jose.antonio.seguido@gmail.com - Mozilla Thunderbird_017

Dado que hemos implementado la funcionalidad de gestionar calendarios a nuestro cliente de correo, el próximo paso es sincronizar nuestro calendario Google dentro del cliente.
Lo realizamos a través de la ruta Archivo -> Nuevo -> Calendar:

Menú_018

Se nos desplegará la siguiente pantalla, donde seleccionaremos la opción On the Network:

Create New Calendar_019

Seguimos con el proceso de sincronización. Elegimos la opción Google Calendar y en Location ponemos la ID de nuestro Calendar:

Create New Calendar_020

La ID de nuestro calendario Google la obtenemos de la siguiente manera. Abrimos la interfaz web de nuestro calendario y nos dirigimos a Configuración:

Google Calendar - Chromium_021

Menú_022

Dentro de Configuración, nos dirigimos a Calendarios:

Google Calendar - Chromium_023

Elegimos el calendario a sincronizar (en el caso de que tengamos creados más de uno):

Google Calendar - Chromium_024

En la siguiente pantalla que se nos muestra, hemos de localizar en su parte inferior la dirección XML de nuestro calendario:

Google Calendar - Chromium_025

Nos situamos encima del icono XML y con el botón derecho del ratón copiamos la dirección URL que contiene:

Menú_026

Y lo pegamos en el campo Location en el asistente de creación de nuestro calendario Google de Thunderbird:

Create New Calendar_027

Nos pedira autenticación para confirmar que es nuestro calendario:

Google Calendar Login_028

Posteriormente, nos solicitará un nombre para el calendario y un color identificativo. Esto resulta útil cuando gestionamos más de un calendario, como por ejemplo, es mi caso:

Create New Calendar_029

El asistente nos notificará de la finalización del proceso:

Create New Calendar_030

Según hayamos finalizado, nos mostrará las alertas de los eventos que tenemos ya gestionados en nuestro calendario Google, si fuera ese el caso:

3 Reminders_031

Y si visualizamos la pestaña de gestión en nuestro cliente Thunderbird, confirmamos que la sincronización ha sido exitosa definitivamente:

Calendar - Mozilla Thunderbird_032

Google Calendar - Chromium_033

SC20130617-083138

A partir de este punto, nos resulta independiente gestionar nuestros eventos y citas desde cualquier cliente o interfaz: web, Android o Thunderbird.
Pasamos a otro campo para sincronizar.

CONTACTOS

Por defecto, Thunderbird nos provee de un gestor de contactos, pero este solo funciona de manera local y no es nuestra pretensión:

Libreta de direcciones_034

Para poder sincronizar con nuestra libreta de direcciones Google hemos de instalar otro plugin de la siguiente manera.
Dentro de Thunderbird nos dirigimos a la ruta Herramientas -> Complementos:

Menú_035

Se nos desplegará la siguiente pantalla:

Administrador de complementos - Mozilla Thunderbird_036

En el campo de búsqueda, introducimos el término google contacts:

Selección_037

Pulsamos Enter y dejamos que Thunderbird busque entre sus complementos disponibles. Seleccionamos el complemento gContactSync:

Administrador de complementos - Mozilla Thunderbird_038

Pulsamos instalar y dejamos que finalice la instalación del plugin. Nos pide que realicemos un backup de nuestra libreta de dirección Google por si surgen problemas:

Acuerdo de licencia de usuario final_039

Después de finalizar su instalación, Thunderbird nos solicita el reinicio del cliente.

Administrador de complementos - Mozilla Thunderbird_040

Pero antes vamos a instalar otro complemento interesante.
En el campo de búsqueda, esta vez solo introducimos el término contacts y seleccionamos el plugin Contact Photos:

Administrador de complementos - Mozilla Thunderbird_041

Este plugin nos mostrara la foto que tengamos seleccionada para nuestro contacto en la cabecera del correo. Instalamos y reiniciamos el cliente.
Una vez hayamos reiniciado el cliente Thunderbird, observaremos que el plugin gContactSync nos solicitará el usuario y la contraseña de la dirección que deseamos sincronizar:

Google Account Login_042

Se nos desplegará las preferencias del plugin, desde donde podremos elegir el nombre de la libreta hasta que grupos podemos elegir sincronizar:

gContactSync Preferences_043

Si nos dirigimos a la libreta de direcciones Thunderbird, nos encontramos con una nueva libreta con el nombre que hayamos seleccionado y los contactos sincronizados:

Libreta de direcciones_044

openSUSE - Administrador de contactos - jose.antonio.seguido@gmail.com - Gmail - Chromium_045

SC20130617-091254

Desde este punto podemos gestionar nuestra libreta de contactos, haciéndose efectivo en todos nuestros dispositivos. El otro plugin instalado nos mostrará la foto (elegida por nosotros o la foto de usuario GOOGLE que tenga seleccionada el propio usuario) en la cabecera del mensaje que nos haya enviado ese correo:

Bugs - Mozilla Thunderbird_046

Pasamos pues a otro apartado.

TAREAS

En la instalación de los paquetes que nos permiten gestión de calendarios, viene incluido, tal y como hemos visto, gestión de tareas, pero al igual que sucedía con la libreta de direcciones predeterminada, solo nos permite gestión local.
Instalamos entonces el plugin desde el Administrador de complementos de Thunderbird que nos permitirá una sincronización de tareas. Abrimos el administrador y buscamos el término tasks, donde elegimos el plugin Google Tasks Sync :

Administrador de complementos - Mozilla Thunderbird_047

Reiniciamos el cliente para que se haga efectiva esta instalación.
Según reiniciemos el cliente Thunderbird, abrimos la pestaña de Tareas y observamos la siguiente pantalla:

Tasks - Mozilla Thunderbird_048

Como podemos observar, nos pide hacer click sobre este campo para poder configurar el plugin. Nos solicitará autorización para confirmar la cuenta sobre la que queremos sincronizar las tareas:

Login and Authorization_049

Confirmamos:

Login and Authorization_050

Observamos entonces la sincronización de nuestras tareas:

Recibidos - jose.antonio.seguido@gmail.com - Gmail - Chromium_051

Tasks - Mozilla Thunderbird_052

Y para nuestro cliente Android ¿cómo completamos el triángulo?

Para Android, os recomiendo la aplicación Any.Do:

SC20130617-093711

El aspecto de Any.Do es el siguiente adaptando su wigdet en nuestro escritorio Android:

SC20130617-094132

Lo que nos interesa es su siguiente funcionalidad:

SC20130617-094446

SC20130617-094456

Eso completa el triángulo y nos permite hacer efectivo cualquier modificación en el resto de interfaces.

CHAT

Esta gestión viene en realidad de serie en nuestro cliente Thunderbird, para hacerlo efectivo realizamos la siguiente operación.
Justo al lado de los iconos de Calendario y Tareas, damos click derecho del ratón y seleccionamos la siguiente opción en el menú que se nos despliega:

Menú_053

Se nos desplegará la siguiente pantalla, donde buscamos el siguiente elemento para arrastrarlo al lado de los iconos Calendario y Tareas:

Modificar barra de herramientas_054

Se quedará configurada de la siguiente manera:

jose.antonio.seguido@gmail.com - Mozilla Thunderbird_055

Desplegamos la pestaña, donde se nos mostrará la siguiente pantalla:

Chat - Mozilla Thunderbird_056

Procedemos a configurar nuestra cuenta de GTalk:

Asistente de cuentas de chat_057

Como podéis observar, Thunderbird nos permite la gestión de múltiples cuentas siguiendo el propio asistente de configuración. Seguimos con la configuración de nuestra cuenta GTalk:

Asistente de cuentas de chat_058

Asistente de cuentas de chat_059

Asistente de cuentas de chat_060

Asistente de cuentas de chat_061

Una vez configurada, la pestaña Chat quedará de la siguiente manera:

Chat - Mozilla Thunderbird_062

Como podemos comprobar, la sincronización entre web y Android es correcta:

Recibidos - jose.antonio.seguido@gmail.com - Gmail - Chromium_063

SC20130617-101301

Procedemos entonces al último apartado.

CANALES DE NOTICIAS RSS

Nota aclaratoria

Este apartado he tenido que modificarlo ante la noticia (incomprensible!!!) del cierre por parte de Google de su lector web RSS Google Reader a partir de julio 2013.
En su lugar utilizaré el llamado a ser su sustituto por excelencia, FEEDLY:
www. feedly.com
Su funcionamiento es similar y prometen independencia de la nube Google cuando ésta realice su cierre.
Posee además un cliente Android que permitirá la sincronización entre su web y nuestro smartphone.

All - Chromium_066

SC20130617-111248

La sindicación de noticias es algo realmente útil para la gente que visualizamos una cantidad voluminosa de webs y blogs para mantenernos informados. ¿En qué consiste esto de la sindicación RSS?
Imaginemos que habitualmente entramos en varias webs en concreto, pongamos como ejemplo este mismo blog.
Si nos fijamos en la parte superior derecha, encontramos el siguiente icono:

Open source. Open mind. | Cogito ergo sum - Chromium_064

Realizamos click derecho sobre ese icono y elegimos la siguiente opción del menú contextual:

Menú_065

Después de copiar la URL RSS de la página web o blog que nos interese, realizamos la siguiente operación.
Nos dirigimos a nuestra interfaz web de Feedly y desplazamos el siguiente apartado:

All - Chromium_067

Se nos desplegará la siguiente configuración, donde pegaremos la dirección URL:

Captura de pantalla - 170613 - 11:23:13

 

Captura de pantalla - 170613 - 11:26:43

Captura de pantalla - 170613 - 11:27:55

Captura de pantalla - 170613 - 11:28:41

Open source. Open mind. - Chromium_068

Como podemos observar es una apariencia muy parecida a un buzón de correo que nos actualizará los contenidos nuevos que generen todas las webs que seguimos habitualmente. De esta manera será mucho más rápido y sencillo acceder a una cantidad voluminosa de información sin tener la necesidad de navegar por todos estos sites.
La información viene a nosotros en lugar de ir a buscarla.

Thunderbird permite gestionar estos canales de noticias, pero con la particularidad de que no sincronizará con las modificaciones realizadas en la interfaz web o cliente Android de la aplicación que seleccionemos.
En realidad, siempre ha sido así, con Google Reader tampoco se sincronizaba la información.
Aún así, es interesante completar nuestro cliente.

Nos dirigimos a la siguiente ruta Archivo -> Nuevo -> Otras cuentas:

Menú_069

Se nos desplegara la siguiente pantalla, donde elegimos la siguiente opción:

Asistente para cuentas_070

Pondremos el nombre que elijamos para identificar correctamente la temática de nuestros canales de noticias:

Asistente para cuentas_071

Una vez finalicemos su configuración, podemos administrar nuestros canales a través del siguiente procedimiento:

Linux - Mozilla Thunderbird_072

Cuando pulsemos sobre Administrar suscripciones, nos desplegará la siguiente pantalla que funciona de manera similar a la interfaz web de Feedly:

Suscripciones a canales_073

Suscripciones a canales_074

Una vez añadido el canal que elijamos, las noticias o contenidos que se generen en esa web, se nos presentaran de la siguiente manera dentro de Thunderbird:

Open source. Open mind - Linux - Mozilla Thunderbird_075

Añadiendo individualmente todos los canales que nos interesen tendremos un buzón informativo que nos proporcionará una gran cantidad de información sin necesidad de navegar por todas las páginas webs, con el ahorro de tiempo que esto aporta.

Y hasta aquí todas las funcionalidades de Thunderbird, que hemos convertido de cliente de correo a un completo gestor de información personal.

Para el siguiente post, como obtener una navaja suiza digital o conseguir un Live USB con varios sistemas operativos funcionales.

Un saludo.